Спеціалізовану допомогу громадянам України незалежно від місця їх проживання надають науково-дослідні інститути хірургічного профілю, які є науково-методичними та організаційними центрами з розробки та втілення новітніх засобів діагностики, лікування та профілактики захворювань і травм певних систем, органів чи ділянок. Серед них Київський науково-дослідний інститут експериментальної та клінічної хірургії АМН України, Харківський НДІ загальної та невідкладної хірургії МОЗ України, Київський НДІ нейрохірургії ім. А-П.Ромоданова АМН України, Київський НДІ кардіохірургії АМН України, Київський НДІ ртори-ноларингології, Київський НДІ ендокринології та обміну речовин АМН України, Одеський інститут офтальмології ім. В.П.Філатова, Дніпропетровський НДІ гастроентерології, Київський НДІ гематології та переливання крові, Київський НДІ туберкульозу та легеневої хірургії та ін.
Поряд з інститутами існує низка спеціалізованих республіканського рівня центрів з деяких галузей хірургії (опіковий, проктологічний центри, центр хірургії щитовидної залози тощо).
У останні два десятиріччя в Україні в містах-мегаполісах та великих промислових центрах (Київ, Харків, Донецьк, Дніпропетровськ, Запоріжжя, Одеса, Львів, Кривий Ріг, Херсон та ін.) створено спеціалізовані лікарні невідкладної хірургічної допомоги, в структурі яких є відділення головних напрямків хірургії (нейрохірургічне, судинне, гастроентерологічне, відділення політравми та ін.), діяльність яких забезпечує ефективну спеціалізовану допомогу хворим з різними гострими захворюваннями та станами (шлункові кровотечі, перфоративна виразка, гострий панкреатит). Завдяки створенню лікарень невідкладної допомоги, концентрації в них великої кількості хірургів різних фахів (як вузького, так і широкого профілю) зменшилися негативні наслідки вузької спеціалізації хірургів.
Спеціалізовану травматологічну (травма кісток та суглобів) та ортопедичну допомогу забезпечують травмопункти у містах, а також відповідні відділення центральних районних, міських та обласних лікарень, такі науково-методичні центри, як науково-дослідні інститути травматології та ортопедії (Київський, Харківський, Донецький).
Онкологічну допомогу хворим надають онкологічні міські та обласні диспансери та онкоцентри разом із кафедрами онкології медичних університетів та академій, що розташовані на базах цих диспансерів, а також науково-дослідні інститути онкології, зокрема Київський радіо-рентгеноонкологічний з його численними багатопрофільними клініками (торакальною, гастроентерологічною, гінекологічною, проктологічною, щелепно-лицевою, клінікою пухлин молочної залози тощо).
Величезну роль у розвитку невідкладної хірургічної допомоги та в досягненні значних успіхів у цій галузі відіграють міські, обласні, республіканські станції "Швидкої допомоги" (ці станції склались унаслідок об'єднання станцій "Швидкої та невідкладної служби") та утворення в них спеціалізованих бригад з тих чи тих галузей невідкладної хірургії (шокових, тромбоемболічних, опікових тощо).
Завдяки цьому медична допомога потерпілим подається швидко та кваліфіковано уже з місця виникнення травми чи захворювання.
Поряд із державною територіальною системою медичної, зокрема хірургічної, допомоги населенню України, підпорядкованою Міністерству охорони здоров’я, в країні існує досить велика мережа відомчих лікарень, підпорядкованих різним іншим міністерствам та організаціям: Міністерству соціального забезпечення (Республіканський госпіталь для інвалідів Великої вітчизняної та інших воєн та місцеві госпіталі для інвалідів воєн, госпіталі для деяких інших категорій пенсіонерів), Міністерству залізничного та водного транспорту, Міністерству вугільної промисловості, Міністерству внутрішніх справ та СБУ, Управлінню лікування та оздоровлення при Кабінеті Міністрів України та багатьом іншим. У цих госпіталях, лікарнях та медсанчастинах великих підприємств є хірургічні відділення, які подають працівникам цих підприємств та служб широку кваліфіковану та спеціалізовану хірургічну допомогу за рахунок бюджетних коштів цих підприємств та установ. Відомчі лікувальні установи мають як стаціонари, так і поліклінічні відділення та хірургічні кабінети в них, а також свої машини "швидкої допомоги".
Завдяки розвитку нових технологій, появі телевідеоапаратури та комп'ютерів, зокрема лапароскопічних апаратів, у останні роки з'явились нові, нетрадиційні форми оперативних хірургічних втручань, які здійснюються ен-доскопічно (лапароскопічне видалення деяких органів черевної порожнини при їх хронічних ураженнях — жовчного міхура, червоподібного відростка, маткових труб, сегментів кишок тощо, пластичне закриття черевних гриж та ін.) чи ен-доваскулярно (балонне та лазерне розширення отвору звужених судин коронарних артерій та артерій ніг тощо).
Ці види спеціалізованої хірургічної допомоги поки що надаються в науково-дослідних інститутах хірургічного профілю та деяких клініках медичних університетів.
Хірургічна допомога, будучи високоефективною, поряд із цим є дуже складною і дорогою. Досягнення її високого рівня в жодній державі світу, навіть найбільш економічно розвинутій, не може бути забезпечене лише
державним фінансуванням. Значне відставання деяких розділів хірургії в колишньому СРСР (зокрема, транс -плантологіїталапароскопічної), залишене в спадок колишнім союзним республікам — теперішнім незалежним державам, у тому числі й Україні, зумовлене головним чином дефіцитом коштів через єдине — лише державне і тому недостатнє — джерело фінансування медицини взагалі, у тому числі й хірургії.
Тому зараз у суверенній Україні зі зміною її політичного устрою та реформуванням економічних відносин поряд із головним — державним — джерелом фінансування медицини розроблюються та втілюються в життя відповідно до постанови Кабінету Міністрів країни інші форми фінансування медичної допомоги. Насамперед дозволяється медичним установам надавати багато платних хірургічних послуг за бажанням та добровільною згодою хворих. Це стосується також таких нових за технологією операцій, як ендоскопічні (лапароскопічні) втручання на органах черевної порожнини. Адже для придбання апаратури для їх виконання та спеціальної підготовки хірургів з числа тих, хто уже володіє технікою виконання операцій на цих органах традиційним — відкритим — способом, потрібні великі кошти.
Зараз в Україні відбуваються економічні реформи у зв'язку з законодавчим (конституційним) закріпленням різних форм власності (державної, приватної та колективної). Це торкнеться також і організації системи медичної, зокрема хірургічної, допомоги громадянам України. Хоч ще не вироблено остаточної концепції щодо системи організації медичної допомоги, проте значні зміни в цій організації вже намічаються і у майбутньому, мабуть, поряд із державною, бюджетною медичною допомогою важливе місце належатиме страховій медицині з оплатою послуг з фонду підприємств, страхових компаній, акціонерних товариств, фондів соціального забезпечення та власних коштів пацієнтів тощо.