Основні напрямки роботи СЕС у проведенні запобіжного санітарного нагляду по розділу гігієни харчування включають: перспективне планування і розробку норм проектування харчових підприємств і пристосування наявних споруд під підприємства харчової промисловості, впровадження нових технологій, зміну асортименту і рецептури продуктів, застосування нових видів сировини, розробку стандартів і технічних умов на використання нових видів продукції, тари, упаковки, використання нових пестицидів та інших засобів.
Згідно з "Інструкцією про роботу санітарно-епідемічної станції з розділу гігієни харчування" при проведенні поточного санітарного нагляду зобов'язані контролювати:
1. Відповідність влаштування й утримання харчових об'єктів діючим санітарним нормам.
2. Дотримання гігієнічних і санітарно-протиепідемічних норм та правил при виготовленні, зберіганні, транспортуванні й реалізації продуктів харчування.
3. Відповідність необхідного обладнання, тари, упаковок, посуду діючим санітарно-гігієнічним нормам.
4. Дотримання встановлених санітарних вимог при використанні харчових добавок у виробництві продуктів харчування.
5. Контроль за дотриманням допустимих залишкових кількостей отрутохімікатів у харчових продуктах.
6. Проведення заходів щодо попередження харчових отруєнь та інфекційних хвороб аліментарного походження.
7. Впровадження заходів щодо раціонального харчування населення, контроль за дотриманням правил і норм вітамінізації готових страв та харчових продуктів.
8. Проведення санітарно-освітньої роботи серед працівників підприємств громадського харчування і торгівлі харчовими продуктами.
9. Дотримання встановленого порядку проходження медичних оглядів працівниками харчових підприємств і проведення профілактичних щеплень.
Працівники санітарно-протиепідемічної служби перевіряють наявність особистих медичних книжок і регулярність проходження медичних оглядів робітниками підприємств громадського харчування, складають акти перевірки і порушення санітарних правил, а також дають пропозиції щодо їх усунення. При необхідності головним державним санітарним лікарем санепідстанції виноситься постанова про застосування адміністративно-запобіжних заходів щодо порушення санітарного законодавства. Він же має право складати гігієнічний висновок державної санітарно-гігієнічної експертизи на імпортовану продукцію. При необхідності лікарі-гігієністи та їх помічники здійснюють відбір продуктів для лабораторного аналізу. З даного приводу складається акт відбору проб встановленої форми.