В останні роки життя він розробив питання загальної імунології, вірусології, вивчав віспу, грип, інтенсивно опрацьовував проблему специфічного лікування туберкульозу.
В 1942 році ним представлений метод профілактики грипу шляхом обробки слизової оболонки носа препаратами олеїнової кислоти.
Ще в 1899 році Гамалія висловив думку про “невидимих мікробів”, як збудників раку. Вірусної теорії раку він дотримувався до кінця свого життя.
В 1910-1933 рр. М.Ф.Гамалія був редактором журналу “Гігієні і санітарія”, в 1939 році головою, а потім почесним головою Всесоюзного союзу мікробіологів, епідеміологів і інфекціоністів. Нагороджений двома орденами Леніна, орденом Трудового Червоного Прапору.
Щодо свого світогляду, то Гамалія був послідовним матеріалістом.