Влада полкової організації поширювалася й на, так звані, ратушні міста. Це були міста, що знаходилися на території полку і не мали привілеїв щодо управління за магдебурзьким правом.
Але у привілейованих містах, що не підлягали безпосередньо полковій адміністрації, їх органи самоврядування входили до сфери влади гетьмана, яку вони визнавали.
Реєстрове військо. Стрижнем, основою військово-адміністративної організації були власні збройні сили, військо України.
За Березневими статтями чисельність реєстрового війська складала 60 000 чоловік. Це була постійна професійна армія, що виділилася з 300-тисячної маси українців-патріотів, які билися за
визволення своєї землі. Ця особливість є досить примітною, якщо врахувати, що у той час основу армій більшості країн Європи складали королівські навербовані частини і найманці-чужинці.
Назву збройних сил України після 1654 p. було уточнено — вони стали називатися "Войско его царского величества Запорожское".
Відповідно до договору 1654 р. Україна мала подавати воєнну допомогу Росії, тому війська України і Росії брали участь в усіх воєнних діях, які розпочинала Російська держава. Вже у 1654 p. реєстровці разом із російською армією пішли походом проти Польщі за визволення земель України, Білорусії, Росії.
Хмельницький значно збільшив чисельність реєстру до 80— 100 тисяч вояків проти визначених 60 тисяч, що виправдовувалося потребами війни. Армія України стає однією з сильніших армій Європи. Реєстровці мали кінноту, піхоту, артилерію, річково-морські підрозділи.
Незабаром після березня 1654 p. уряд Росії відмовився сплачувати козакам платню, обгрунтувавши це тим, що цар воює за визволення України і що його казна несе великі витрати. Крім того, царські урядовці нагадали Б.Хмельницькому про його минулі обіцянки: " .хотя число войска запорожского и велико будет, а государю в том убытка не будет, потому, что они жалованье у государя просить не учнут". Відмова виплатити рядовим козакам 42 тис. золотих рублів потягла скорочення українського війська, оскільки служба вимагала чималих витрат і була під силу лише заможним.
Церква. У суспільно-політичному житті України після 1654 p. відбувається зростання значення православної церкви. Зміцнення єдиної православної віри було ідеологічним обгрунтуванням народно-визвольної війни.
Судові органи. Під час народно-визвольної війни в Україні почала формуватися власна судова система, яку визнав царський уряд. У царевій грамоті від 27 березня 1654 р. за Україною визнавалося право мати власні суди та судитися "по своїм попереднім правам".
Спочатку судові функції виконували уряди різних рівнів, однак незабаром в їх складі стали виділятися колегії, а також окремі урядовці, яким доручалося постійно виконувати судові функції. Цей процес свідчить про поступову диференціацію органів публічної влади в Україні, тобто утвердження української національної держави, що випереджало розвиток судової системи як самостійного інституту і в Росії, і у Речі Посполитій. Вищим судовим органом був Генеральний військовий суд. До нього входили генеральний суддя (у 1654 p. їх було три, згодом — два, потім — один) і генеральна старшина.
Міжнародний статус України. Б.Хмельницький не підкорився обмеженням Березневих статтей. Україна вдається до активних дипломатичних зв'язків, про які Росія не повідомлялася. Австрія, Прусія, Швеція та інші держави підтримували з Україною відносини як з самостійною державою. У документах, адресованих гетьману Б.Хмельницькому, до нього зверталися як до глави держави, називаючи приятелем, другом, братом. У договорі зі Швецією, що був підписаний у 1657 p., зазначалося, що українці народ вільний і нікому не підлеглий. Туреччина-Порта пропонувала Україні протекцію. А Польща, з якою Україна воювала, лякала своїх сусідів могутністю України і закликала повернути її у підданство Речі Посполитої.
Взаємини України і Росії. Найважливіші для України положення договору 1654 p. — невтручання Росії в її внутрішні справи спочатку додержувалися, оскільки у Росії не було спеціальних органів управління Україною. Відносини Росії та України регулював, як і з іншими державами, Посольський приказ. Це ще один важливий доказ того, що при укладенні договору 1654 р. та в наступні роки Україна не входила до складу Російської держави, а залишалася суверенною. Україна і Росія вирішували нагальні питання шляхом постійного обміну посольствами. Україна мала власний митний кордон з Росією.
Збройні сили Росії в Україні. За договором 1654 p. Росія зобов'язувалася не вступати на територію України, не втручатися в її внутрішні справи, але незабаром ці зобов'язання були порушені. У січні 1654 p. один із військових підрозділів Росії — загін чисельністю 3 тис. чоловік, який прибув з посольством Бутурліна, нібито випадково просунувся до Києва і розташувався там. Воєводами у Києві посіли князі Куракін і Волконський. А втім, це трапилося не без відома Б.Хмельницького. Він у 1653 p., передбачаючи війну з Польщею, просив у царя військо для захисту Києва від ворога. З цього приводу цар писав Куракіну: "По челобитью гетмана велел государь быть в Киеве ратным людям для бережения отъ приходу поляковъ и всякихъ воинских людей".
У 1654—1656 pp. під час спільних воєнних дій Росії та України проти Польщі у великі українські міста було введено російські війська на чолі з воєводами. Вони залишалися на території України й після укладення Віденського перемир'я всупереч умовам договору 1654 p. та протестам з боку Б.Хмельницького. Але у червні 1657 p. Хмельницький заборонив царським воєводам бути у Києві, Ніжині, Переяславі та Чернігові та заборонив надавати землю в Україні російським стрільцям, що прибули разом з воєводами.
В усіх великих містах Слобідської України воєводи з військовими загонами закріпилися під час заселення цієї території переселенцями з Росії для їх захисту та управління ними. У 1654—1656 pp. воєводою усіх російських військ в Слобідській Україні був боярин І.Ромодановський. Він затверджував полковників, обраних старшиною, очолював Білгородський приказ і підлягав Розрядному приказу в Москві.
В 1656 p. цар порушив свій союзницький обов'язок, уклавши у жовтні перемир'я з Польщею. Про його зміст Україну повідомили лише на початку грудня. Цей вчинок завдав Хмельницькому великого смутку, але не зменшив його рішучості продовжувати боротьбу за зміцнення незалежності України. Хмельницький сміливо засудив політику Росії, звернув увагу царя на ненадійність укладеного перемир'я, почав активніше проводити самостійну політику України, спрямовану на розширення її дружніх зв'язків з іншими державами.
Занепокоєний майбутнім Української держави, яке він вважав справою свого життя, прагнучи посилити гетьманську владу, він у цей час добивається здійснення свого давнього наміру — зробити посаду гетьмана спадковою. За його бажанням і наполяганням генеральна рада у квітні 1657 р. в Чигирині назвала наступником гетьмана його молодшого сина 16-річного Юрія, незважаючи на те, що той був слабкий на здоров'я і не мав здібностей до управління.