Формування світоглядних орієнтирів Просвітництва пов'язане не лише з загальною атмосферою доби, а й з бурхливим розвитком природничих наук і філософії.
Виникненню матеріалізму XVIII ст. сприяв майже 300-річний досвід зростання нового природознавства, покликаного до життя зародженням і поширенням капіталістичного способу виробництва.
Потреби інтенсивного розвитку продуктивних сил привели до того, що нове природознавство на противагу схоластиці повернулося лицем до "тлінної" природи, звернулося до експериментального вивчення властивостей матерії, законів руху земних і небесних тіл, до встановлення фізико-математичних виражень цих законів. Допитливий людський розум на страх церкві почав проникати в таємниці не тільки неорганічного, але й органічного світу. Величезним успіхом фізіології XVIII ст. стало відкриття І. Гарвеєм кровообігу. Були написані праці, що встановлювали залежність психічних явищ від стану людського тіла. І тим самим підготували висновки, які заперечували субстанціональність душі.
Просвітництво XVIII ст. спиралося на видатні відкриття Р.Декарта, І.Ньютона і Г. В. Лейбніца в галузі фізики і математики, на перші досягнення передової біологічної думки, завдяки чому поступово витіснялися релігійні і спіритичні погляди на сутність життя, віталістичні та теологічні уявлення, встановлювалися природні причиннонаслідкові зв’язки і закономірності життєвих процесів. Біологія була тоді ще далека від скільки-небудь широких наукових узагальнень. Однак праці У. Гарвея, М. Мальпігі, Я. Сваммердама, Ф. Реді, А. Левенгука в галузі анатомії, фізіології й ембріології вже давали матеріал для обгрунтування матеріалістичної думки про те, що життєві явища такі ж пізнавані, як і всі інші, і мають у своїй основі не загадкові містичні чи ірраціональні начала, а природні фізико-хімічні процеси.
Своєрідною енциклопедією була для просвітителів-філософів XVIII ст. багатотомна "Природнича історія" Бюф-фона і його співпрацівників. Прогресивний мислитель, людина енциклопедичних знань, Ж. Бюффон (1707—1788), вступаючи в суперечність з пануючими в природознавстві поглядами, зробив спробу звести сукупно найважливіші досягнення природничих наук своєї епохи. Його окремі здогади про еволюційний розвиток органічного і неорганічного світу Землі були спрямовані проти грубого і наївного релігійно-догматичного мислення.
Усередині XVIII ст. природничі науки, зробивши значний крок уперед у матеріалістичній інтерпретації явищ природи, перервали, по суті, свої зв'язки з релігією і метафізикою. Однак фактичною відмінністю цієї доби є нерівномірний розвиток різних галузей природознавства. На той час, коли механіка твердих тіл і математика досягли високого щаблю, хімія, біологія й інші науки знаходилися ще на етапі становлення.
Такий нерівномірний поступ наукових знань проявлявся і в медицині. Незважаючи на досягнення анатомії, фізіологія з клінікою (а особливо головна клінічна спеціальність — терапія) протягом довгого часу відставали. Великий вклад у процес становлення клінічного навчання студентів здійснив Лейденський університет, при якому була створена в XVII ст. клініка. Лейден у XVII ст. став науковим центром. У його університеті працювали К. Лінней, Р. Де-карт, Ж. Ламетрі, X. Гюйгенс. Особливо значну роль у запровадженні клінічного навчання відіграв Герман Бургав (1668—1738), який викладав у цьому університеті клініку внутрішніх захворювань і патології. Основний принцип навчання, який він пропонував, це навчання біля постелі хворого. До Бургава приїздили вчитися лікарі з інших країн, його називали "вчителем всієї Європи". Учнями Бургава були фізіолог Альбрехт Голлер у Німеччині, французький лікар Ламетрі, клініцист Ван Світен у Відні. В Росії методи Бургава підгримував і популяризував засновник Московського госпіталю Микола Бідлоо. Недоліком у діяльності Бургава було те, що всі процеси, які відбуваються в організмі людини, він пояснював з погляду механіки.
Нові підходи до розвитку медичних знань проповідував французький вчений Ж. Ламетрі (1709—1751). В головному своєму творі "Людина —машина" він проголосив програму вивчення життєвих процесів шляхом дослідів і закликав до перебудови фізіологічної науки на матеріалістичній основі, за що піддавався переслідуванням з боку церкви і змушений був виїхати до Німеччини.
Початок патологічної анатомії поклав італійський лікар Джованні Баттіста Морганьї (1682—1771). Свої наукові висновки Морганьї зробив на основі великої кількості досліджень і створив найціннішу наукову працю з патології, яка заклала основи цієї науки. Вчений стверджував, що кожна хвороба має своє місцезнаходження, кожній хворобі передують певні матеріальні зміни в тому чи іншому органі тіла, розтин трупа дає можливість встановити хворобливі зміни органів. Таким чином, дослідник визначив місце патологічної анатомії як складової частини клінічної медицини.
За реформу медичної освіти виступав французький вчений П. Ж. Кабаніс (1757—1808). Він підтримав ідею створення медичних шкіл при великих лікарнях, щоб навчання учнів відбувалося біля постелі хворого, щоб таким чином лікар умів лікувати, а не тільки показувати свої знання під час диспутів.
На рубежі XVII—XVIII ст. культура, наука і, зокрема, медицина набувають кардинально нових рис. Боротьба за новітні ідеї здійснюється в умовах конфлікту між матеріалістичними і метафізичними поглядами, проте, переборюючи різноманітні труднощі, медицина в окремих галузях досягла значних успіхів.