Перманентний інноваційний процес здійснюється відповідно до стохастичних законів, але все-таки піддається стратегічному керуванню. При цьому інноваційна стратегія містить у собі визначення й реалізацію системи конкретних заходів сприяння процесу досліджень і розробок, у тому числі - мотиваційний механізм наукової діяльності. На відміну від короткострокового й середньострокового впливу ринку, інноваційна стратегія повинна стимулювати реалізацію довгострокової мети - підвищення конкурентноздатності товарів і послуг. Тому при розробці системи стимулювання у сфері наукової діяльності необхідно подолати протиріччя між короткочасною зацікавленістю і довгостроковою доцільністю. При цьому слід постійно пам'ятати, що головним в інноваційному процесі є творчий потенціал людини, на активізацію якого в першу чергу має бути спрямоване стимулювання.
Система стимулювання праці виступає як чинник мотивації. Як відомо, стимул, як і мотив, розглядається як спонукальна причина поведінки, але, на відміну від мотиву, таке спонукання викликане зовнішніми чинниками: матеріальними й моральними стимулами. Стимули відіграють роль інструментів, які зумовлюють дію певних мотивів; використання стимулів і є процесом стимулювання.
Згідно з двофакторною теорією Ф. Герцберга, оплата праці - тільки гігієнічний чинник, що забезпечує відсутність незадоволеності. Однак багато дослідників, зокрема біхевіористи, вважають, що в певних ситуаціях вона може бути мотивуючим чинником і стимулювати підвищення продуктивності праці: по-перше, за умови, що заробітній платі надають велике значення, по-друге, - за наявності чіткого зв'язку між рівнем заробітної плати і продуктивністю праці. В теперішніх умовах заробітна плата залишається головним джерелом доходу населення України, хоча швидко втрачає і цей статус, і властиві їй функції.
Що стосується другої умови, то проведений аналіз оплати праці в науково-дослідних установах НАН України свідчить, що заробітна плата науковців залежить здебільше від їх стажу і відпрацьованого часу, ніж від конкретних результатів роботи. Порівнявши результати праці з оплатою праці (середньомісячна заробітна плата) за 2000р., не спостерігається жодного натяку на кореляцію цих показників. Порівнювались дані наукових установ одного профілю, тобто по відділеннях наук НАН України, оскільки порівнювати результати науково-дослідної діяльності в різних галузях науки некоректно. Так, наприклад, по відділенню економіки найнижчу середньомісячну заробітну плату в 2000р. (193,9 грн.) одержали працівники Інституту світової економіки НАН України, які в розрахунку на одного співробітника мали найбільший обсяг публікацій (1,8 публікації). В той же час найвища середньомісячна заробітна плата (747,9 грн.) була отримана працівниками Інституту економічного прогнозування НАН України, які за показником публікацій (1,2) були лише на четвертому місці у відділенні. Подібна картина спостерігається і між науковими установами окремих, близьких за напрямками наукових відділень. Серед відділень технічного профілю, наприклад, за заробітною платою лідирує відділення механіки НАН України (284,5 грн.), яке має вдвічі меншу за кількістю надрукованих наукових праць (0,5) продуктивність, ніж відділення математики (1,2), середньомісячна заробітна плата в якому (259,3 грн.) є другою "знизу" серед відділень цього профілю і т.д. Взагалі існує суттєва диференціація в заробітній платі між академічними науковими установами: в 2001 р. найвища заробітна плата була у співробітників Інституту держави і права ім. Корецького - 996,3 грн., що в 5,6 разу вище середньомісячної плати - 176,8 грн., яку одержували співробітники Науково-технічного центру електрофізичної обробки.
Діючі в установах і організаціях НАН України схеми оплати праці передбачають співвідношення між нижнім і вищим окладами як 1:4,4. Головний принцип цих схем єдиний - "від досягнутого", бо вони побудовані на старих схемах посадових окладів і тарифних ставок, що залишилися нам від соціалістичної системи оплати праці. Схеми характеризуються змішаним типом наростання коефіцієнтів, яке ґрунтується на існуючих ще в ті часи схемах і співвідношеннях. Переважно низьке наростання (2,2% - 5,9%) характерне для діапазону найнижчих окладів. Для фахівців допоміжних підрозділів воно зростає до 7,4% - 9,7% у діапазоні окладів від 155 до 195 грн. Підвищення окладів у науково-дослідних підрозділах взагалі складно характеризувати: спочатку (для техніків і спеціалістів) воно обмежується 8-10%, далі оклади спеціаліста й провідного спеціаліста розділяє всього 3,1%, потому (від окладу провідного спеціаліста до окладу молодшого наукового співробітника) зростання окладів відбувається відразу на 48,5%. Безпосередньо для наукових співробітників підвищення відбувається більш плавними регресивними темпами, але теж у досить великому діапазоні: від 16% (молодші наукові - наукові співробітники) до 3,8% (провідні наукові - головні наукові співробітники). Завідуючий науково-дослідним відділом має оклад майже як і провідний науковий співробітник, хоча останній є його підлеглим і має виконувати функції менш відповідальні [19, ст. 3-4].
Як бачимо з цих конкретних прикладів, різниця між посадовими окладами в більшості випадків є меншою за так званий "поріг відчутності" зростання заробітної плати, який за оцінками багатьох спеціалістів повинен перевищувати 10-11%. Ці співвідношення необґрунтовані і порушують основні принципи оплати праці, тому повинні бути істотно змінені.
Система оплати праці в науковій сфері включає поряд із тарифною оплатою також компенсаційні й стимулюючі виплати. Перші носять обов'язковий характер, установлені законодавчо. Види й розміри других установлюються самими організаціями. Це, в основному, доплати й надбавки до посадових окладів і тарифних ставок, оскільки такі види стимулюючих виплат, як премії, працівникам науки сплачуються з економії фонду заробітної плати, яка, практично, в наукових установах відсутня. Серед таких - надбавки за науковий стаж, які сплачуються в діапазоні 10-30% згідно з переліком наукових посад працівників НАН України, що затверджується кожною науковою установою. Вони сплачуються автоматично, незалежно від будь-яких якісних показників роботи і стимулюють тих науковців, які пропрацювали в науковій сфері більше 10 років (в такому разі надбавка дорівнює 20%) - здебільшого тих, "кому за тридцять". Останній "здобуток" наукової громадськості - поліпшення пенсійного забезпечення - стимулює вже тих, кому за 40 років, бо раніше про пенсію не замислюються.
Матеріальне заохочення в наукових установах значною мірою спрямовано на стимулювання вчених, які займають вищі посади (що бачимо: по співвідношенням посадових окладів науковців) і є старшими за віком. Отже, загострюється проблема старіння в науковій сфері, яка для НАН України є вкрай актуальною: середній вік кандидатів наук тут досяг 56,3 роки, докторів наук - 60 років, академіків - 70,4. А дієвих матеріальних стимулів для молодих науковців практично немає: після захисту дисертації вони, як правило, знаходять більш вигідну роботу. При таких демографічних тенденціях в цій сфері через певний час нікому буде продовжувати наукові дослідження. До того ж абсолютні показники свідчать про постійний відплив кадрів з академічної науки: за 10 років (1991-2001 рр.) загальна чисельність працюючих в НАН України скоротилась на 52,3%.