Починаючи з 1649 р Військова рада скликається рідко. Є відомості про одну раду в 1650 р., дві — в 1651 р., декілька — в 1653 р. і ще одну (останню) в січні 1654 р. — в Переяславі.
Одночасно з падінням ролі Військової ради зростає значення старшинських рад. І хоча це був дорадчий орган при гетьмані, його рішення були обов'язковими для нього.
Система управління складалася з трьох ступенів: Генерального, полкового та сотенного урядів.
Генеральний уряд був центральним органом управління. Він очолював всю систему управління і був постійно діючим органом.
Генеральний уряд обирався Військовою радою. Очолював Генеральний уряд гетьман: як глава держави, вищий суддя та верховний головнокомандуючий, законодавець, оскільки він видавав універсали — нормативні акти, обов'язкові для виконання на всій території України.
Генеральний уряд був вищим розпорядчим, виконавчим та судовим органом держави.
Окрім гетьмана, до Генерального уряду входили генеральні старшини, які керували окремими галузями управління.
Найближчою до гетьмана державною особою був генеральний писар. Він керував зовнішніми відносинами та канцелярією, через яку проходили всі документи як до гетьмана, так і від нього. Генеральний обозний, генеральний осавул та генеральний хорунжий займались військовими справами, відповідали за боєздатність війська та його матеріальне забезпечення. Генеральний бунчужний охороняв знаки гідності гетьмана та Війська Запорізького, а також виконував окремі доручення гетьмана. Генеральний суддя був вищою апеляційною інстанцією за відношенням до полкових та сотенних судів. Генеральний підскарбій очолював фінансову систему держави.
Перераховані державні особи складали раду генеральної старшини, яка з часом витісняє Військову раду.
Право і судочинство у Запорізькому низовому війську.
З формуванням козацького республіканського ладу складається своєрідна правова система на Запоріжжі. Козаки не визнавали дії Статутів та магдебурзького права на своїй території. Правосуддя на Запоріжжі відбувалося у відповідності з старовинними звичаями, "словесним правом і здоровим глуздом". Норми звичаєвого права, які склалися у Запорізькій Січі, закріплювали військово-адміністративну організацію козацтва, роботу судових органів, порядок землекористування, порядок укладання окремих договорів, види злочинів і покарань. Можна з впевненістю стверджувати, що козацьке звичаєве право являло собою народну конституцію.
Серед кримінальних злочинів найбільш тяжким визнавалися вбивство, нанесення побоїв, крадіжка, дезертирство, пияцтво тощо. Як покарання практикувалися прив'язування злочинців до гармати, биття канчуками під шибеницею, членоушкодження тощо.
За найбільш тяжкі злочини присуджували до смертної кари, яка поділялася на просту та кваліфіковану. До кваліфікованої відносилося закопування живим у землю, посадження на палю, повішення на гак, забивання киями біля ганебного стовпа.
Продовжувало діяти і канонічне право. Правовим збірником православних норм був грецький Номоканон, католицьких — Звід канонічного права 1532 року.
В роки Визвольної війни на Запоріжжі і в Україні вдосконалюється вже існуюча правова система. Серед джерел права, які використовувалися, на першому місці було звичаєве козацьке право. Воно регулювало широке коло стосунків, і перш за все, організацію державної влади та управління, систему судочинства, називало злочини та покарання за них. З часом великої ваги набувають нові джерела права. Мова йде, перш за все, про гетьманські універсали. Це були розпорядчі акти вищої влади, які носили загальнообов'язковий характер для всього населення України. Універсали регулювали державні, адміністративні, цивільні, кримінальні та процесуальні стосунки.
Джерелами права були також міжнародні угоди, які укладалися гетьманом, головним чином з сусідніми державами. В них стверджувався стан України як суб'єкта міжнародно-правових відносин. В угодах ми знаходимо норми цивільного та адміністративного права.
Під злочином розумілося всяке порушення норм "давнього козацького права". В системі злочинів на першому місці стояли військові злочини (зрада, ненадання допомоги під час бою тощо). Особливо жорстоко карали зрадників — їх страчували. Серед видів покарання найбільш поширеними були смертна кара та штрафи.
На Запоріжжі формувалася і своєрідна судова система. Судові функції тут виконували усі представники козацької старшини. Кошовий отаман (гетьман) був найвищим судовим органом. В середині XVII ст. він перетворюється на вищу апеляційну інстанцію.
Основні судові функції покладалися на військового суддю, який розглядав кримінальні й цивільні справи козаків. Найбільш складні справи він передавав кошовому отаману (гетьману) або Військовій раді. Військовий суддя відправляв правосуддя за звичаєвим правом, яке склалося на українських землях протягом останніх століть.
Судові повноваження інших представників військової старшини були менш значимими. Так, військовий осавул виконував функції слідчого та стежив за виконанням судових рішень. У межах своїх повноважень виконували судові функції курінні та паланкові отамани. Цікаво, що на Запоріжжі діяв принцип: "де три козаки — два третього судять".
В роки Визвольної війни було здійснено спробу відокремити судові органи від адміністративних. Були створені Генеральний, полковий та сотенний суди. До складу Генерального суду входили два генеральні судді. Генеральний суд був апеляційною інтонацією для полкових та сотенних судів. Але повністю провести розподіл влади в Україні того часу не вдалося. Органи адміністративно-територіального управління продовжували виконувати судові функції.
Систему судових органів очолював гетьман, якому належала вища судова влада. Гетьман затверджував вироки (рішення) Генерального та полкового судів у найважливіших справах, особливо вироки до смертної кари. Гетьману подавали скарги на рішення всіх судів, перевірку яких він проводив вибірково, посилаючи представників старшини на місця для розгляду справ по суті. Роль вищих судових органів виконувала також старшинська рада. Полкові та сотенні суди розповсюджували свою юрисдикцію не тільки на справи всього козацтва, а й на все населення, яке проживало на їхній території.
Процесуальне право не знало істотних відмінностей між цивільними та кримінальними справами. Домінуючим, як і раніше, був змагальний процес.
Судочинство починалося за заявою потерпілого. Процес мав позовний характер. Позивач самостійно збирав усі докази, пред'являв їх суду і підтримував звинувачення. На будь-якій стадії процесу він мав право відмовитись від позову або звинувачення і укласти мирову угоду. В тяжких злочинах слідство і суд були обов'язковими, незалежно від заяви потерпілого, що говорило про появу слідчого процесу. Представники сторін мали право на адвокатів, так званих прокураторів, що знаходилися при судах. У деяких справах їхня участь була обов'язковою. Докази підрозділялися на досконалі та недосконалі. Доказами були: показання свідків, піймання на гарячому, присяга тощо. В окремих випадках для здобуття зізнання в здійсненні злочину застосовувалося катування. Показання свідків та піймання на гарячому належали до досконалих доказів, а присяга і клятва вважалися додатковими доказами. У майнових спорах велике значення надавалося письмовим доказам, оскільки закон вимагав укладати деякі угоди тільки в письмовій формі.