На початку війни авіація поділялася на армійську і фронтову - що створювало ряд труднощів під час масового її застосування на головних напрямках. З метою вдосконалення організаційних форм, в 1942 р. були створені повітряні армії, які налічували у своєму складі від 600 - в 1942 р., до 2000 літаків - у кінці війн. В 1942 р. також було розпочато формування авіаційних корпусів резерву ВГК.
Командував ВПС піл час війни головний Маршал авіації Новіков О.О.
Військово-морський флот. У роки війни питома вага цього виду у Збройних Силах не збільшилася, але внутрішня організація мала ряд суттєвих перетворень. Головна увага в будівництві звертавшася на підводні сили, родії яких під час війни постійно зростала. Поряд з підводними силами набували значного розвитку у роки війни й легкі сили флоту.
Значного розвитку набула морська авіація, особливо бомбардувальна та міноторпедна. За роки війни морська піхота стала окремим родом військ.
Наркомом ВМФ у роки війни був - адмірал флоту Кузнєцон М.Г., який як і командуючи й: ВПС Новіков О.О. та бата і о інших полководців та флотоводців в післявоєнні роки. підпав під сталінські гоніння.