Застосування комплексних програмних систем дозволяє радикально поліпшити ситуацію з організації обліку в цілому. Бухгілтерський облік є найбільш регламентованою функцією управління, що може ефективно виконувати свої завдання тільки за умови наявності заздалегідь заданих планів та правил. Оскільки при комплексній автоматизації обліку таким системоутворюючим фактором є програмно реалізований набір формальних алгоритмів, бухгалтерський облік перестає просто представляти господарський процес у вигляді єдиного цілого, а починає перетворювати цей процес на організоване ціле, яким цей процес раніше не був. Фактично - це дозволяє здійснити перехід до концепції активної організації виробництва, праці , та управління в бухгалтерії, при якій організоване ціле є продуктом свідомої цілеспрямованої роботи бухгалтера.