- відділу запасів (функції: визначення поточної потреби в лікарських засобах і виробах медичного призначення, своєчасне подання замовлень на них, приймання товарів за кількістю і якістю, забезпечення правильного зберігання, організація предметно-кількісного обліку, проведення лабораторних і фасувальних робіт, відпуск товару іншим відділам, відокремленим структурним підрозділам, лікувально-профілактичним закладам);
- рецептурно-виробничого відділу (функції: прийом рецептів на екстемпоральні ліки, виготовлення і оформлення ліків, контроль їх якості, відпуск ліків);
- відділу готових лікарських форм (функції: прийом рецептів на готові лікарські засоби аптечного і промислового виготовлення та їх відпуск);
- відділу безрецептурного продажу (функції: реалізація лікарських засобів, які відпускаються без рецепта, а також виробів медичного призначення).
В аптеках меншого обсягу роботи (друга та третя групи за оплатою праці) можлива організація двох відділів. При цьому в залежності від специфіки роботи ймовірні такі варіанти:
а) відділ запасів та відділ рецептурно-виробничий, готових лікарських форм і безрецептурного продажу;
б) відділ рецептурно-виробничий із запасами та відділ готових лікарських форм і безрецептурного продажу;
в) відділ рецептурно-виробничий, запасів і готових лікарських форм та відділ безрецептурного продажу.
В інших виробничих аптеках (четвертої і п'ятої груп за оплатою праці) відділи від сутні.
Необхідно підкреслити, що в аптеках готових лікарських форм з великим обсягом роботи (першої та другої групи) можлива організація тільки двох відділів: відділу відпуску готових лікарських форм за рецептами лікарів і відділу безрецептурного продажу.