Кора мозочка складається із сірої речовини товщиною 1-2,5 мм. В товщі білої речовини є вкраплення сірої речовини - ядра: зубчасте (найбільше), пробкоподібне, кулясте і ядра покриття (намету).
В корі розрізняють 3 шари: зовнішній - молекулярний, середній - шар грушеподібних нейронів (гангліонарний) і внутрішній - зернистий. В молекулярному і зернистому шарах залягають в основному дрібні нейрони. Великі грушеподібні нейроцити (клітини Пуркін'є) розмірами до 40 мкм, розташовані одним рядом в середньому шарі, - це еферентні нейроцитів кори мозочка. Їх аксони утворюють початкову ланку еферентних шляхів. Вони ідуть до нейроцитів ядер мозочка, а дендрити розташовуються в поверхневому молекулярному шарі. Решта нейроцитів кори мозочка є вставними, асоціативними, які передають нервові імпульси грушеподібним нейронам. Отже всі імпульси, що ідуть до мозочка, досягають грушеподібних нейроцити. Формування мозочка завершується до 6 років життя.
Мозочок має 3 пари ніжок які його сполучають з середнім мозком (передні), мостом (середні) і довгастим (задні) мозком.
Довгастий мозок (medulla oblongata) є безпосереднім продовженням спинного мозку. Нижня його межа є місце виходу корінців 1-го шийного спинно-мозкового нерва або перехрест пірамід, верхня - задній край мосту, довжина близько 25 мм, форма близька до зрізаного конусу зверненого основу догори. Передня поверхня розділена передньою серединною щілиною, з боків якої розташовані піраміди (пучки нервових волокон пірамідних провідних шляхів, які частково перехрещуються <перехрест пірамід> в глибині описаної щілини на межі із спинним мозком). Волокна пірамідних шляхів сполучають кору переднього мозку з ядрами черепних нервів і передніми рогами спинного мозку. По боках пірамід розташовані оливи, які відділені від них передньою латеральною борозною.
Задня поверхня довгастого мозку поділена задньою серединною борозною, по боках якої розташовані продовження задніх канатиків спинного мозку, які до верху розходяться і переходять в нижні мозочкові ніжки. Останні знизу обмежовують ромбоподібну ямку. Задній канатик складається із 2 пучків - клиновидного (латерального) і тонкого (медіального), які поблизу нижнього кута ромбоподібної ямки закінчуються відповідними горбиками з однойменними ядрами.
Довгастий мозок складається із білої та сірої речовини, остання представлена ядрами 9-12 пар черепних нервів, олив, центрами дихання і кровообігу, ретикулярною формацією. Біла речовина утворюється довгими і короткими волокнами відповідних провідних шляхів.
Ретикулярна формація являє собою сукупність клітин, клітинних скупчень і нервових волокон, які розташовані у стовбурі мозку (довгастий мозок, міст і середній мозок) і утворюють сітку. Вона пов'язана з усіма органами чуття, руховими і чутливими ділянками кори передніх півкуль, таламусом і гіпоталамусом, спинним мозком. Ретикулярна формація регулює рівень збудливості і тонусу різних відділів ЦНС, включаючи кору, бере участь в регуляції рівня свідомості, емоцій, сну і бадьорості, вегетативних функцій, доцільних рухів.
Дно 4-го шлуночка називають ромбоподібною ямкою. Вона утворена задніми поверхнями довгастого мозку і мосту, верхніми боками ямки є верхні, а нижніми - нижні мозочкові ніжки. Серединна борозна ділить дно ямки на дві симетричні половини, з боків якої розташовані медіальні підвищення, що переходять у лицьові горбики. В товщі лицьового горбика залягають: ядро 6-ї пари черепних нервів (відвідний), глибше і латеральніше - ядро 7-ї пари (лицьовий нерв), а внизу медіальне підвищення переходить у трикутник під’язикового нерва, латеральніше якого знаходиться трикутник блукаючого нерва у яких розташовані ядра одноіменних нервів. Верхній кут ромбоподібної ямки сполучається з сільвієвим водогоном. В бокових відділах ямки лежать слухові і вестибулярні ядра вестибуло-слхового нерва (8-а пара).
В товщі ромбоподібної ямки залягають ядра 5-12 пар нервів. Дах 4-го шлуночка утворена двома мозковими парусами: верхнім (натягнутий між верхніми мозочковими ніжками) і нижнім (прикріплюється до ніжок клочка) та судинною основою 4-го шлуночка (вона доповнює нижній парус). Через 3 отвори в криші (серединна ззаду і внизу і 2 латеральні апертури) порожнина 4-го шлуночка сполучається з підпавутинним простором. В товщі судинної основи 4-го шлуночка є його судинне сплетення.
Спинний мозок (medulla spinalis) - це довгий майже циліндричний тяж дещо сплющений у спинно-черевному напрямку. На рівні верхнього краю атланта переходить у довгастий мозок, а внизу на рівні 2 поперекового хребця закінчується мозковим конусом. Від останнього відходить термінальна нитка, яка прикріплюється до 2 куприкового хребця.
По ходу спинного мозку є два потовщення: шийне (на рівні 3 шийного - 3 грудного хребців) і поперекове (10 грудний - 2 поперековий хребці). В цих зонах число нервових клітин і волокон збільшене в зв'язку з іннервацією кінцівок.
Спинний мозок поділений на 2 симетричні половини передньою серединною щілиною і задньою серединною борозною. На бокових поверхнях спинного мозку симетрично входять задні (аферентні) і виходять передні (еферентні) корінці спинно-мозкових нервів. Лінії виходу і входу корінців поділяють кожну половину на три канатики спинного мозку (передній, середній і задній).
Ділянка Сп.М., яка відповідає кожній парі корінців, називається сегментом. Сегменти позначаються латинськими літерами C (шийні <їх 8> - cervicalis), Th (грудні <їх 12> - thoracalis), L (поперекові <їх 5> - lumbalis), S (крижові <їх 5> - sacralis) і Co (куприкові <їх 1-3> - coccygeus).
Спинний мозок складається із сірої та білої речовини. Біла речовина розташована по периферії. На поперечному перерізі сіра речовина має вигляд метелика і розташована в центрі мозку. В центрі сірої речовини розташований вистелений одним шаром клітин епендимоцитів канал мозку. Зверху канал сполучений із 4-м шлуночком, внизу закінчується сліпо термінальним шлуночком. В сірій речовині розрізняють передні і задні роги (стовпи). На рівні від 1-го грудного до 3-го поперекового сегментів є ще і бічні. Сіра речовина утворена мультиполярними нейронами, безміеліновими і тонкими міеліновими волокнами і гліоцитами. Клітини, які мають однакову будову і виконують подібні функції, утворюють ядра сірої речовини. В задніх стовпах розташовані чутливі ядра. У передніх стовпах залягають дуже великі (100-140 мкм у діаметрі) корінцеві нейрони, які утворюють рухові соматичні центри. В бокових стовпах залягають групи дрібних нейронів, які утворюють центри соматичної частини вегетативної нервової системи. Їх аксони ідуть через передні роги і разом з корінцевими відростками формують передні корінці.
Біла речовина спинного мозку утворена головним чином міеліновими волокнами, які ідуть поздовжно і утворюють провідні шляхи спинного мозку.
У білій речовині поблизу сірої речовини шийного відділу між передніми і задніми рогами, у верхньогрудному - між задніми і бічними, залягає сіра речовина ретикулярної формації.