Повний курс навчаня в Києво-Могилянській академії тривав 12 років.Але зважаючи на те, що вона була вищою школою, студенти мали право вчитися в ній стільки, скільки бажали без вікового обмеження. Студентів і початкових, і середніх, і старших класів (курсів) ніколи не карали і не і відчисляли за те, що вони не вивчили уроків, не підготувались до диспуту чи взагалі не можуть опанувати належний матеріал, бо причиною цьому могли бути і хвороба, і голод, і холод, нестача одягу, підручників і т.ін. Більше того, всім надавалась можливість при бажанні залишатися на другий чи навіть на третій рік в тому ж класі "підтверджувати навчання".
Всього в академії було 8 так званих ординарних класів, але кількість предметів сягала до 30 і більше. В перших чотирьох класах Академії - фарі, інфимі, граматиці й синтаксимі, що були по суті підготовчими, вивчались мови: церковно-слов'янська, грецька., руська (українська), латинь і польська, а також арифметика, геометрія, нотний спів і катехизис. Зання класичних мов - грецької та латинської - було не лише ознакою освіченої людини того часу, але й відкривало їй шлях до пізнання античної культурної спадщини й сучасної європейської літератури й науки.Латинь була мовою науковців, письменників, поетів, судовоі справи, міжнародного спілкування.Викладання в університетах Європи велось латинською мовою.Всі вищі науки, починаючи з поетики, в Києво-Могилянській-Академії також викладались латинською мовою.
Ще в 1649р. Єрусалимський патріарх паїсій, відвідавши Київську колегію, писав, що вона має вчителів "виского мистецтва", які навчають гречну молодь "слов'янській мові, як властивій і латинській як, необхідній .".
Руська або українська літературна (книжна) мова з часом завойовує все більший простір в Академії і в суспільстві.Нею писали твори, вірші, наукові, художні й політичні трактати, літописи, листи, судові акти, гетьманські універсали, укладали проповіді й повчання.
Згодом в Академії зростає інтерес до європейських мов.З 1738 р. до навчального курсу вводиться німецька, а з 1753р.- французька мова.З середини 18ст. вивчається російська мова, а також староєврейська.Остання- з метою поглибленого вивчення християньських першоджерел.
Відомо, що починаючи від Петра I, ведеться наступ на українську мову, на її знищення.Приймається ряд заходів, "дабы народ малоросийский не почитал себя отличным от великоросийского", в тому числі закони про заборону друку (з1720р.), а потім- і викладання українською мовою.Академії спочатку "рекомендується" перейти на російську мову, а з 1784р.- суворо забороняється читати лекції "сільським діалектом" (тобто українською мовою), а лише російською і обов'язково
"с соблюдением выговора, который соблюдаеться Великороссии".Незважаючи на заходи російського царизму щодо русифікації Академії, як і всієї України, українська літературна мова, в розвиток якої внесла свій вклад і Академія, в повній красі зазвучала в творах І.Котляревського, Т.Шевченка та ін. Українських поетів і письменників.
Вивчалися в Академії поетика- мистецтво складати вірші, а також риторика- цариця мистецтв, вміння красиво і вірно висловлювати думку.Поетика й риторика були найулюбленішими предметами студентів.Особливо студенти цікавились такими видами поезії, які мали практичне застосування.Це канти й елегії, які можна було присвятити поважним людям, проголосити їх на громадських, церковних, академічних святах.Не менш популярними були й промови- поздоровчі, вітальні, прощальні, іменинні, весільні, а також- на випадок народження чи смерті, перемоги, судового акту, церковного свята та ін.Студенти красномовці завжди були бажаними гостями на різних урочистостях, за що отримували щиру вдячність й матеріальну винагороду.
В Академії складаються свої традиції: поетичні змагання- читання віршів різних епох, різними мовами, в тому числі й власних, викладачами і студентами, увінчання вправних віршотворчів лавровими вінками з присвоєння звання "лавроносного поета" (лауреата).Ні одне академічне свято, ні одна знаменита подія в Академії чи місті не відбувались без поетів.Дні ангела ректора, префекта, профессора, дні свят, особливо Різдва і Паски, відвідини митрополита, чи інших почесних гостей, вибори до студентського товариства (конгрегації), походи за місто- все це було благодатною нагодою для віршування, для виявлення молодих талантів, справжнім святом для студентів і всіх киян.
Любов'ю до поетичного слова, яка прищеплювалась студентам Києвської академії, ми завдячуємо тому, що маємо сьогодні безцінне "Слово о полку Ігоревім".В рукописі, зробленому із списку 16ст., "Слово ." зберігалося в бібліотеці вихованця академії Івана (Іола) Биковського.Як і багато інших могилянців він був викликаний до Росії, працював в Шляхетському Кадетському корпусі, згодом став архимандритом Спасо-Ярославського монастиря і ректором Ярославської семінарії.І всюди з Биковським була його бібліотека, якою він люб'язно дозволяв користуватися всім книголюбам.Так, "Слово ." опинилося в руках доброго знаймого архимандрита оберпрокурора Синоду О.Мусіна-Пушкіна.Подальша доля його невідома.
В Києво-Могилянській академії зародився і став професійним театр.В народі ж особливо великою популярністю користувалися вертеп, інтермедія.Студенти самі готували інтермедії, драми, розучували канти й пісні, виготовляли все необхідне для вертепа.На ярмарках, в селах- біля церков, на майданах, на цвинтарях- студенти розігрували свої дійства.Слухачі й глядачі з радістю й захопленням сприймали нехитру студентську музу, щедро винагороджуючи "тружеників науки".
Києво-Могилянська академія була центром філософської думки в Україні.особливе місце серед філософів в Києво-Могилянській академії належало професору І.Гізелю, Й.Конановичу-Горбацькому, С.Яворському, Ф.Прокоповичу.А Феофан Прокопович започаткував в Академії (і в усій тодішній Російській імперії), вищу математику.
В другій половині 18ст. були відкриті спеціальні класи чистої математики, де викладались алгебра і геометрія, змішана математика, механіка, гідростатика, гідравліка, оптика, тригонометрія, астрономія, гідрогорафія, математична хронологія, цивільна й військова архітектура.Відомим викладачем математики був професор Іреней Фальковський.
Прикладом отримання добрих знань з архітектури може служити діяльність визначного випускника Академії Івана Григоровича-Барського, киянина, архітектора і будівничого, якому в Києві належать більше 30 споруд.Серед них ротонда"Самсон", церкви Миколи Набережного, Покровська, Надбрамна в Кирилівському монастирі.
В Академії започатковуються природничі науки- астрономія, буологія, мінералогія, зоологія та інші, які поступово відділяються від філософії.
Лише в 1802р. був вперше відкритий медичний клас, але природничі знання, які давала Академія, вивчення творів Авіценни, Везалії, Бекона, Гіпократа, а також чудове знання латині часто були вирішальним у виборі шляху випускниками Академії.Вони йшли навчатися до медичних закладів Європи.А з другої половини 18 ст. й до Госпітальних шкіл Росії.