Падінню царівни Софії сприяла нова військова компанія , бо Мазепа успадкував чорноморську проблему Чорного моря . У березні 1689 року князь Ґоліцин рушив на Крим з 120-тисячним військом . На Колмаку до нього приєдналися українські війська під проводом Мазепи . Ця величезна армія 20 травня дійшла до Перекопу , примушуючи татар відступати , але другого дня несподівано відступила . Невідомі причини цього відступу , але історики склоняються до того що Ґоліцина підкупили татари .
Після цього відступу відбулось падіння царрівни Софії та перехід влади до Петра I.
Той факт , що Мазепа не тільки не постраждав за дружні відносини з Ґоліциним , а навіть навпаки попав в особливу ласку до Петра , виправив з Ґоліцинських маєтків ті гроші , що заплатив йому за свій вибір та й ще випросив для своїх родичів та своєї партії велику кількість маєтків ; все це свідчить про не аби-яку здатність пристосовуватися до людей і обставин .
Після двох невдалих походів стало зрозуміло , що щоб здобути Крим треба опануувати Чорноморське узбережжя . Почалися походи на Очаків , долішний Дніпро .На чолі походів на Очаків та Газі—Кармен у 1690 році , на Аккерман у 1691 році стяв полковни Семен Палій .
У 1695 році відбувся перший похід московського війська на Озів . З ними разом йшли козаки під командою небожа Мазепи наказного гетьмана Івана Обидовського . Мазепа ж у той час атакував Гази—Кармен та інші турецькі фортеці над Дніпром . Завоювання цих фортець мало велике значення для України , а ще більше для Озовської компанії .
У 1696 році Озов був здобутий , хоча Керченська протока залишалася ще у руках турків . На жаль Очаків не був взятий .
Мазепа стає дуже заможним і починає витрачати гроші на духовні і просвітні цілі . Він намагається заглушити розмови про те , що він « Лях » , чужий . скатоличений . Мазепа відновив Печерську Лавру , обвів її монументальною огорожею , відбудував братську церкву Богоявлення і поставив новий будинок для академії . Поставив церкву вознесення у Переяславі та інше .
Але всі ці прояви доброчинності у бік церкви ніяк не заспокоювали народ . Військові походи через Україну руйнували її , багато людей гинуло в боях . У 1699 році Маазепа писав царю , що за 12 років гетьманування він відбув 11 разів у походах , однак наслідки військовї компанії проти Криму та Туреччини не відповідали жертвам .
В решті—решт Австрія та Польща підписали мир з Туреччиною у 1699 році , а Москва з туречинною у 1700 році отримав Озів на 30 років . Престиж Москви було поднято , а що Україна ?? Україна не вигадала з цього нічого , навпаки через Коломацьку угоду вона повинна була не тільки брати участь у бойових діях , а ще й давати людей для судобудівництва , копання окопів та інше .
Таке становище шкодило Мазепі , якого сучасники вважали за прихильника Москви , не розуміючи важкої ситуації в якій він опинився внаслідок Коломацької угоди .
На Україні зростало соціальне та економічне напруження . Мазепу називали « відчимом » України . До того ж не припинялися повстання , що почалися ще під Коломаком . Люди тікали до Запоріжжя , де утворився осередок опозиції проти політики Мазепи . Мазепа вживав заходів щоб заспокоїти народ : ввів , як норму , дводенну панщину , на будування фортець відряжалися козаки , а не селяни , але цього було замало .
Становище Мазепи , що стояв між місцевою опозицією та політикою Москви , погіршувало ще те , що серед старшини було багато свояків та приятелей Самойловича , з його небожем Михайлом Самойловичем на чолі . Мазепа їх по змозі усував , призначаючи полковниками своїх родичів та друзів .
Проти Мазепи почалися заколоти , перший очолював Василь Кочубей . Друга під керівництвом Петра Іваненко (Петрика ) , який став гетьманом Ханської України — між Богом і дністром .
Треба сказати , що відносини між Україною і Москвою за гетьманування Мазепи з початку царювання Петра набули особливого характеру . Мазепа , як я вже казав , мав значний авторитет ще за правління царівни Софії , завдяки його дружним стосункам з В. Ґоліциним . При Петрі Мазепа отримав багато милостей , орденів та інших відзнак і в міру своєї можливості використовував довiр’я царя для України . Трагедія Мазепи поягала в тому , що , ясно розуміючи інтереси України , він повинен був брати участь у війні з Туреччиною і Кримом , не зважаючи на протести старшини .
Гетьман був самотній і ця самотність яскраво виявилася під час війни зі Швецією , яка своїми наслідками стала величезною катастрофою для України , хоча причини , які викликали її були далекі від інтересів України . Головною причиною тієї війни було прагнення Петра « прорубати вікно у Європу » вийшовши до берегів Балтийського моря , що належали Швеції . Була утворена антишведська коаліція , до якої входили Данія , Польща та Росія .
Війна почалася у 1700 році , коли данські війська увійшли до Гольштинію , що була у союзі зі Швецією , а поляки зайняли Ліфляндію та обложили Ригу . На допомогу їм йшли Московськи війська . Але у цей час Швеція нападає на Данію та змушує її вийти з війни . Москва не знаючи про це почали облогу Нарви—шведської фортеці , 19 листопада 1700 року Карл XIIрозбиває Московське військо . Це сталося так миттєво , що Українське військо , яке йшло під керуванням наказного гетьмана Івана Ободинського , не встигло дійти , тому обмежилося нападами на Шведський кордон , а потім на початку 1701 року повернулися на Україну .
У цей час Карл XII кинув усі сили на Полшу і тим самим дав Петру «timeout» , за цей час Петро встиг зробити військову реформу та дістати нову зброю . У 1701 році Петро знову почав бойові дії , Українсько—Московськи сили виступили на допомогу Польсько—Саксонським . У 1703 році почалися успіхи Петра : він здобув Нотебурґ та Нієшанц , де заснував Петропавлівську фортецю — майбутній Санкт—Пітербурґ ( на будові Санкт—Пітербурґа загинуло більша людей ніж на північній війні ) , у 1704 році було захоплено Дерпт і Нарву . В результаті уся Інґрія опинилась під владою Москви .
У цей час Карл XIIзахопив вже половину Польщі , серед польських магнатів почалася боротьба : одні підтримували короля Авґуста II— короля Польщі , інші підтримували Швецію . Польша поділилася на дві ворожі частини . Авґуста II підтримували московські та українські війська з гетьманом на чолі .
У 1705 році Петро Iзаймає Литву та Курляндію . Україні ж ця війна нічого не давала , а тільки навпаки—помирало на чужині багато українців , будувалися нові фортеці , що були великим тягарем для населення , війська , що весь час переходили через Україну вимагали фуражу , коней , харчів , волів . Петро не рахувався з військовим укладом українців : українці мали слухатися московських військових начальників , а не гетьмана . В Москві навіть виникали думки скасувати козацькі порядки , а керування Україною віддати Меньшикову або гециґу Мальборо . Зрозуміло і без зайвих слів , яка загроза нависла над Україною .