Як і раніше, закон карав осіб, що вчинили військові злочини (ними визнавалися порушення правил несення служби, оголення зброї проти начальників, дезертирство тощо). На Запорізькій Січі тяжким злочином вважалося самовільне залишення служби, а також ухилення від неї.
Важливе місце у системі правопорушень посідають злочини проти православної віри (богохульство, чарівництво та ін.) На відміну від судової практики Росії, особливо Речі Посполитої, такі судові справи в Лівобережній Україні були рідкістю. А в Правобережній Україні у кінці XVIII ст. було зареєстровано близько 100 справ про чаклунство та чарівництво*.
Найнебезпечнішими службовими злочинами вважалися казнокрадство та хабарництво, широко поширені серед посадових осіб України.
До злочинів проти порядку управління і суду відносилися брутальність, непідкорення адміністрації (особливо російській), фальшивомонетництво, підроблення печаток і документів, лжеприсяга і лжесвідчення в суді та ін. Під злочином проти громадського порядку розумілося приховування злочинів, тримання притонів, бешкетування, лайка, бійка тощо. На Запорізькій Січі до цієї категорії злочинів відносилися: самовільне перевищення такси проти встановленої на Січі норми продажу товарів, харчів і питва, а також приведення на територію Січі жінки, пияцтво під час походу та ін.
Центральне місце серед караних дій проти особи займало вбивство. Особливо тяжкими видами цього злочину вважалися вбивство батьків, немовля, козацького старшини, урядовця, отруєння, вчинене за договором або за наймом. На Запорізькій Січі вбивство військового товариша розглядалось за звичаєм як найтяжчий злочин (вбивство людини, яка не належала до запорізької громади, вважалось менш тяжким злочином).
До майнових злочинів належали крадіжка, пограбування, гайдамацтво, підпалювання та інші види знищення чужого майна. Найдетальніше закон регламентував крадіжки. Кваліфікованою вважалася крадіжка, здійснена під час стихійного лиха, з військових сховищ, у товариша, в церкві. Гайдамацтво, будучи однією з форм народно-визвольного руху в Правобережній Україні в XVIII ст. проти феодально-кріпосницького та національно-релігійного гноблення, розглядалося як особливо небезпечний вид злочину проти власності феодалів.
Кримінальне право знало злочини проти моральності. Суворому покаранню піддавався запорізький козак, який "порочит женщину по пристойности", оскільки такий злочин "к обесславлению всего войска запорожского простирається"*.
За Гетьманщини у кримінальне законодавство включаються нові склади злочинів такі як "безчоловіччя" (мужелозтво, скотолозтво), перевідництво. Поширеним був такий злочин як конокрадство, котре, всупереч законодавству, розглядалося населенням як тяжкий злочин, траплялися й випадки самосуду.
Головна мета покарання полягала у залякуванні, для чого воно здійснювалося прилюдно. Одночасно його метою було запобігання (загальне та спеціальне), відплата заподіянням муки злочинцю, примусова праця, відшкодування шкоди, завданої злочинними діями.
Система покарання була досить складною. У більшості кримінально-правових норм вказувався вид покарання, але не визначалися його межі. Допускалася множинність покарань, тобто застосування декількох видів покарання за один злочин. Покарання поділялися на основні та додаткові.
Як правило, вид і розмір покарання залежали від соціального становища злочинця та потерпілого. За вбивство збіглого селянина, винний карався грошовим штрафом. В Правобережній Україні шляхтич, який убив просту людину, карався теж штрафом і був зобов'язаний відшкодувати шкоду родині вбитого. Просту ж людину за убивство шляхтича страчували. Привілейоване становище козацької старшини, української шляхти і дворянства виявлялося також в тому, що коли будь-хто з них вчинював злочин, він, як правило, підлягав значно полегшеному покаранню.
Загострення класової боротьби обумовило посилення кримінальної репресії, що досягалося не тільки переглядом чинного законодавства чи правового звичаю, а й широким застосуванням нових кримінально-правових норм, введенням нових видів покарання, а також поширенням на територію України російського кримінального права, зокрема військово-кримінальних законів.
Виключна міра покарання — страта поділялася на просту та кваліфіковану. Проста страта полягала у відсіканні голови, повішанні та розстрілі. В окремих випадках застосовувалося утеплення, про що свідчать запорізькі архіви 1700 р.: "Насыпав за пазуху песку, посадить его в реку Чортомлык". Для посилення страждань приреченого на смерть та найбільшого залякування населення застосовувалися кваліфіковані види страти: четвертування — відсікання кінцівок, а потім голови; колесування — роздроблення кісток і покладення тіла злочинця на горизонтально встановлене колесо, з тим, щоб його п'яти стикалися з головою; посадження на кіл (палю); підвішування за ребро на гак; закопування живцем у землю. Останнє покарання застосовувалося до матерів — дітовбивць. Запорожців за вбивство товариша закопували в землю живцем разом з вбитим.
Кваліфіковану страту часто застосовували, щоб покарати козаків за гайдамацтво. 22 серпня 1771 p. військовий суддя М.Тимофеев наказав полковнику Самарської паланки стратити захоплених гайдамаків у такий спосіб: "Разбойников и смертоубийцев, хотя некоторых тем же жребием, виселицею, а других их товарищей, поелику они перешли все пределы нашей умеренности . непосредственно в Самаре казнить смертью — Каленика Донця потянуть на железной в столпе спины, а Степана Тарана зацепить ребром на крюк"*. Тіла страчених тривалий час залишали на місці страти.
Тілесні покарання поділялися на ті, якими завдавалося каліцтво, та на болючі. До перших відносилися відсікання носа, вух, кінцівок. В 1765 р. у вироку щодо двох засуджених за крадіжку вказувалося: "Чтобы впредь воровать не дерзали, при народном собрании по единой ноге выломать". Але на прохання запорожців "ног не ломано, да толькокиями жестко до полусмерти поприбивано и в шпиталь козацкий отданы".
З болючих тілесних покарань найтяжчим було биття батогом, яке нерідко було замаскованою стратою. Застосовувалося також биття киями — палицями, що також могло призвести до смерті покараного. Забивання біля ганебного стовпа було у запорожців найпоширенішим видом страти. Такому покаранню винні піддягали за крадіжки, гайдамацтво, дезертирство та ін. В ордері Коша від 10 червня 1769 p. паланковим полковникам пропонувалося карати на базарах прилюдно козаків, які ховалися від служби, а потім під вартою відправляти на Січ. 10 червня 1770 p. кошовий отаман П.Калнишевський наказав курінним отаманам розшукати козаків, що втекли, "и по сыску по двести киев дать, а потом посадить до стовпа и содержать под караулом в одного до повороту нашего походу". 3 метою загального запобігання та залякування усі перелічені види покарання здійснювалися при народі. Кожна людина за власним бажанням могла брати участь у його виконанні.