Разом з надзвичайними і конституційними органами створювались і органи спеціального призначення, що виконували окремі функції органів державної влади з надзвичайними повноваженнями. 26 червня 1941 р. ЦК КП(б)У і Раднарком УРСР утворили республіканську комісію з евакуації на чолі з заступником голови Раднаркому республіки Д.Жилою. 18 серпня 1941 р. за рішенням Ради з евакуації, утвореної при Раднаркомі СРСР, була створена оперативна група по керівництву евакуацією промислових підприємств Лівобережної України. До кінця 1941 p. з території України було евакуйовано більше 550 підприємств, 427 МТС, величезна кількість сільгосппродукції, близько 4 млн. громадян. У листопаді 1941 р, при військових радах фронтів і армій південно-західного напряму були створені оперативні групи з функціями органів державного управління і широкими повноваженнями по організації тилового забезпечення армій. Керівництво групами здійснювалось заступниками голови Раднаркому, наркомами УРСР.
З початком війни змінилися напрям діяльності і організація системи місцевих Рад України. Зросла роль виконавчо-розпорядчих органів. Значного поширення одержало розгляд питань на спільних засіданнях виконкомів та бюро партійних комітетів і прийняття спільних постанов.
Поряд із скороченням і спрощенням структури виконкомів, галузевого апарату з'являються нові структурні одиниці, діяльність яких спрямована виключно на забезпечення військових потреб. Військово-організаторська робота стала домінувати у діяльності державного апарату. Найважливішими напрямами цієї роботи були:
забезпечення обов'язкового виконання мобілізаційних заходів, участь у формуванні частин Червоної армії, народного ополчення, знищувальних батальйонів, партизанських загонів, постачання армії, організація будівництва оборонних споруд, перебудова промисловості на випуск військової продукції, охорона громадського порядку.
23 червня 1941 р. для стратегічного керівництва збройними силами була створена Ставка Головного командування Збройних сил СРСР. 10 липня її перейменовано у Ставку Верховного командування. 8 серпня вона перетворена в Ставку Верховного головнокомандування на чолі зі Сталіним, який 19 липня був призначений народним комісаром оборони. На жаль, фактично надмірна концентрація влади в руках однієї людини не могла не призвести і призводила частіше за все до прийняття помилкових рішень, які дорого обходилися країні.
Оперативним органом Ставки став Генеральний штаб. Збройні сили СРСР складалися з сухопутних військ, військово-повітряних сил, військово-морського флоту і військ ППО країни. Керівництво військами в Україні з 10 липня здійснювало Головне командування південно-західного напрямку, якому були підпорядковані південно-західний, південний фронти та чорноморський флот.
В умовах воєнного часу особливого значення набули організація і діяльність військових рад фронтів, армій, флотів і флотилій, які були органами воєнного і воєнно-політичного керівництва, але й у відповідності з Указом від 22 червня 1941 р. "Про воєнний стан" користувались всією повнотою влади на території фронтів, армій, в районі базування і дії флотів.
До складу ради входили: командуючий (голова), два члени ради і начальник штабу. Членами ради призначались працівники центрального апарату партійних і радянських органів. Керівництво військовими радами здійснювалось ЦК ВКП(б), ДКО, Ставкою Верховного головнокомандування, НКО СРСР. Рішення військових рад оформлювались наказами командуючого фронтом чи армії.
У перші місяці війни в Україні було мобілізовано до Червоної армії близько 2 млн. чоловік. Поряд з формуванням регулярних військ почалось формування на добровільних засадах дивізій народного ополчення, які направлялись у резерв фронтів, де вони доукомплектовувались, і по суті ставали звичайними з'єднаннями Червоної армії. В частинах народного ополчення, сформованого в Україні, вели боротьбу 1 млн. 430 тис. чоловік.
Резервом армії ставали і винищувальні батальйони, створені місцевими партійними і радянськими органами. На початок липня 1941 р. в 17 областях України було сформовано 657 винищувальних батальйонів з кількістю понад 150 тис. чоловік, і понад 18 тис. груп сприяння.
Велике значення у підготовці резервів для поповнення частин і з'єднань Червоної армії мала постанова ДКО від 17 вересня 1941 р. "Про загальне обов'язкове навчання військовій справі громадян СРСР". Військове навчання було уведено з 1 жовтня 1941 p. для всіх громадян чоловічої статі від 16 до 50 років.
5 липня 1941 p. Раднарком УРСР прийняв постанову "Про підготовку населення до протиповітряної і протихімічної оборони", у відповідності з якою у всіх містах і селах України були створені групи самозахисту при підрозділах місцевої протиповітряної оборони.
Важливою частиною військового будівництва стало формування партизанських загонів і керівництво опором на окупованій території України. 5 липня 1941 p. постановою ЦК КП(б)У було створено республіканське Управління по організації і керівництву партизанськими загонами, диверсійними групами і винищувальними батальйонами на чолі з Т.Строкачем — заступником наркому внутрішніх справ, начальником управління прикордонних військ НКВС УРСР. Управління надавало допомогу місцевим партійним і радянським органам у створенні, озброєнні і матеріально-технічному забезпеченні військових формувань, керувало їх бойовою діяльністю. 1 листопада 1941 p. постановою військової ради Південно-Західного фронту було створено оперативну групу по керівництву партизанським рухом.
ЗО травня 1942 p. постановою ДКО було створено Центральний штаб партизанського руху, а також Український штаб партизанського руху (УШПР) при військовій раді південно-західного напряму. 29 червня 1942 р. УШПР був підпорядкований безпосередньо Ставці Верховного головнокомандування.
УШПР до 1 серпня 1942 p. сформував широку мережу оперативних груп при військових радах Південно-Західного і Південного фронтів і армій, що розгорнули роботу по формуванню радянського партизанського руху і підпілля.
Надзвичайні умови воєнного часу вимагали перебудови організації і діяльності правоохоронної системи.
В перший же день війни, 22 червня 1941 p., Президія Верховної Ради СРСР затвердила Положення про військові трибунали в місцевостях, оголошених на воєнному стані і у районах воєнних дій, яким встановлювався порядок організації, комплектування і розгляду справ військовими трибуналами. Військові трибунали Червоної армії і Військово-Морського флоту створювались в округах, флотах, арміях, корпусах і дивізіях.
Лінійні суди залізничного і водного транспорту були також реорганізовані у військові трибунали. Військові трибунали військ НКВС будувались за територіальними ознаками — окружні і обласні військові трибунали військ НКВС. Штати військових трибуналів затверджувались спільними наказами НКЮ, НКО чи НК ВМФ СРСР. Діяльність трибуналів мала значною мірою репресивний характер.
Аж до окупації території України функціонувала і загальна судова система УРСР. У її підсудності зберігалась частина кримінальних справ, а також основна маса цивільних справ.