У перший період війни ряд обласних судів України, які опинилися у прифронтовій смузі, діяли і як військові трибунали, і як загальні суди, залишаючись у підпорядкуванні НКЮ УРСР.
Із введенням воєнного стану на території України значно розширилась мережа військової прокуратури. Наказом НКЮ СРСР і Прокурора СРСР від 24 червня 1941 p. було встановлено порядок здійснення нагляду прокуратури за діяльністю військових трибуналів.
Обласні та районні прокуратури прифронтової смуги були воєнізовані, а згодом на воєнний стан переведено практично всі ланки прокуратури республіки. Прокурори, що працювали у прифронтовій смузі, залишались у підпорядкуванні Прокурора УРСР, але здійснювали свою діяльність у тісному взаємозв'язку з військовою прокуратурою. Наказом Прокурора СРСР від 27 серпня 1942 p. апарат прокуратури республіки було реорганізовано в оперативну групу Прокуратури УРСР. Надалі частина працівників прокуратури була призвана до лав Червоної армії, евакуйована і продовжувала свою роботу в органах Прокуратури РРФСР та інших республік.
Надзвичайні обставини першого етапу війни призвели до ще більшої централізації керівництва всіма службами державної безпеки і охорони громадського порядку.
Постановою ДКО від 17 липня 1941 p., Указом Президії Верховної Ради СРСР від 20 липня 1941 p. НКВС і НКДБ CPCP були об'єднані у Народний комісаріат внутрішніх справ СРСР. На початку серпня були об'єднані наркомати внутрішніх справ і державної безпеки УРСР.
Одним з найважливіших завдань органів державної безпеки стала охорона тилу радянських військ. Постановою Раднаркому СРСР від 25 червня 1941 р. "Про начальників охорони військового тилу" вводиться інститут фронтових і армійських начальників охорони військового тилу. 26 червня 1941 p. наказом НКВС СРСР були призначені начальники військ по охороні тилу фронтів, в тому числі і на території України. До їх підпорядкування були віднесені прикордонні, оперативні, конвойні війська, війська НКВС по охороні залізничних споруд і особливо важливих підприємств промисловості, що знаходились на території Української республіки.
Для практичної діяльності по формуванню, озброєнню і навчанню винищувальних батальйонів при НКВС УРСР, обласних, міських і районних управліннях та відділах були організовані оперативні групи. Організація і напрямки роботи оперативних груп були визначені у розпорядженні наркомату внутрішніх справ УРСР від 16 липня 1941 p.
На органи державної безпеки лягла плямою репресивно-каральна функція. Це участь у діяльності загороджувальних загонів, яким, згідно з сумнозвісними наказами міністра оборони СРСР № 160 від 16 серпня 1941 p. і № 227 від 28 липня 1942 p., надавалось право розстрілу "у позасудовому порядку", участі у знищенні значної кількості в'язнів радянських тюрем.
Основні завдання органів НКВС по розгортанню у тилу ворога збройного опору було сформульовано директивою НКВС УРСР від 14 серпня 1941 р. "Про організацію у тилу ворога партизанського руху, диверсійної і розвідувальної роботи".
З липня 1941 p. по червень 1942 p. тільки органами НКВС УРСР було сформовано, підготовлено, озброєно і закинуто у тил ворога 778 партизанських загонів, 662 диверсійні групи, близько ЗО тис. чоловік, а також 505 розвідників, кур'єрів, зв'язкових.
Відповідно до Указу "Про воєнний стан" значно розширились обов'язки органів міліції. Низкою наказів, директив НКВС СРСР і УРСР конкретизовано завдання органів міліції в умовах воєнного часу. З початку війни структура міліції не зазнала особливих змін, змінилась сама організація роботи, з'явились нові напрямки діяльності, наприклад боротьба з організованим бандитизмом, дезертирами, вилучення зброї у населення. У прифронтових районах всі працівники міліції були переведені на казармений стан.
При наближенні фронту багато представників міліції із зброєю в руках стримували наступ військ противника.