Мине час, і колегія стане на честь Могили - Києво-Могилянською,
а згодом і академією, яка відіграла найвизначнішу роль у розвитку освіти й науки як в Україні, так і в Росії. А тоді, навесні 1632 р., студенти-ритори заснованого Могилою “гімназіума” склали і піднесли йому на Великдень панегірик “Евхарістірон, або Вдячність Петру Могилі”, у якому прославляли Могилу як першого, хто дав православній науці, “досі безплідній”, справжню вченість.
Між іншим, культурна й освітня діяльність Петра Могили не обмежувалася лише турботою про Київську колегію. Саме за його участю були відкриті колегії у Вінниці, Кременці, Гощі. Багато зусиль доклав він і до розвитку книговидавничої справи в Україні.
У квітні 1632 року помер польський король Сигізмунд ІІІ. В Кракові збирався сейм, на якому мало розглядатися питання про його наступника. Старий і хворий митрополит Київський Ісайя Копинський не міг рушити в таку далеку дорогу. Рада вищого духовенства вирішила послати від себе на сейм П.Могилу. Прибувши туди, архімандрит Києво-Печерської лаври заявив від імені всього українського народу, що київська депутація не братиме участі в сеймі, якщо негайно не буде прийняте рішення про повернення православних усіх захоплених у них уніатами монастирів і церков. Після тривалої дискусії сейм змушений був винести таке рішення. Ось що зробила одна людина, яка мала незламну силу волі, гнучкий розум і знання дипломатичної справи. Княжич за походженням, мало мав собі суперників за вихованням, був зразком ревної відданості в вірі й православ'ї – тільки один Могила міг на той час так невтомно боротися і так переможно вийти з такої нерівної боротьби.
Як козацькі посли, так і делегація духовенства на чолі з Петром Могилою виявляли неабияку активність на сеймі. Щоб забезпечити собі більшість, королевич Владислав склав спеціальний матеріал, у якому пропонувалося вирішити козацькі питання, віддати православним Київську митрополію, повернути всі її маєтки, монастирі й навіть львівське єпископство.
Однак він міг набути сили лише після затвердження “елекційним” сеймом. На ньому й почалися й основні дебати, що доходили мало не до бійок, особливо, коли в суперечку встрявали козаки. В діаріуші князя А.Радзивілла 1632 року зазначалося: “У понеділок (15 жовтня) козаки на сеймі говорили про унію з презирством, робили тисячі протестів і погроз і при цьому заявили: нехай Республіка не доводить їх до відчаю… Тут є багато попів та інших схизматиків, які розпалюють ворожі партії. Ми застосовуємо проти них всі наші намагання, але до сих пір становище досить важке…”
Говорячи про попів, Радзивілл, очевидно, мав на увазі делегацію православного духовенства на чолі з Могилою. Він дійсно разом з Адамом Киселем, Лаврентієм Деревинським і Вороничем постійно виступав на засіданнях сейму, захищаючи православних, і навіть особисто звернувся до новообраного 13 жовтня короля Владислава. Той, зваживши на ситуацію, задовольнив їх прохання, видавши “диплом”, яким гарантував більші права і вигоди, ніж ті, що були зазначені в “Меморіалі”.
“Диплом” надавав повну свободу переходу як з православ'я в унію, так і з унії в православ'я. Київський митрополит мав, як і раніше, висвячуватися від Константинопольського патріарха. Віддавалась Луцька єпархія, запроваджувалася нова у Мстиславі, заборонялося чинити всілякі образи православним людям.
Коли Петро Могила разом з брацлавським підсудком Михайлом Кропивницьким вітали Владислава з обранням, то дякували йому за рішення, підкреслюючи: “Розумно поглянув ти на наші прохання і справедливо розсудив їх”. Тим часом козаки і православне духовенство, очевидно, інспіроване однодумцями Петра Могили, в один з останніх днів сейму, зібравшись разом, прийняли рішення усунути від митрополії Ісайю Копинського як людину престарілу й хворобливу. Тут же, у Варшаві, митрополитом було обрано Петра Могилу. Правда, на випадок, коли б король не побажав затвердити Могилу митрополитом, було обрано й іншого кандидата – вінницького підстаросту Михайла Ласку, чия мати – Гулевичівна – віддала свою землю під Київську братську школу. Були також обрані на єпископію Луцьку – князь Олександр Пузін, на Мстиславську – ігумен Віленського Святодухівського монастиря і ректор школи при ньому Іосиф Бобринович.
12 березня 1633 року Владислав затвердив митрополитом Петра Могилу і видав йому “привілей” на це. При цьому король відзначив, що добре знає Могилу, “коли той був ще у “світському званні” і коли “на очах його воював проти головного ворога Польщі Османа, царя туркцького”. Королівською грамотою Могилі віддавалася Києво-Софіївська церква, утримувалася за ним і Києво-Печерська архімандрія, доручався нагляд за Пустинно-Микільським монастирем.
Невдовзі було отримане благословіння й патріарха константинопольського, причому патріарх надавав новому митрополиту звання “екзарха святого константинопольського трону”.
Настановлення Петра Могили митрополитом у Києві викликало незвичайну радість. Ученики братської школи складали йому гимни і панегірики. “Коли б ти задумав, - говориться до нього в привіті, - відправитися з Києва до Вільна і до країв українських і литовських, з якими радощами зустріли б тебе ті, которими наповнені суди, темниці й підземні в'язниці за непорочну віру східну!?” Печатники присвятили йому віршовану брошуру, що напечатали під заголовком “Евфонія веселобремячая”.
Після наставлення митрополитом Петро Могила з новою силою розгорнув сподвижництво як у галузі церковній, так і освітній, будівничій, книгодрукування та ін.
Насамперед після повернення до Києва він звернув увагу на вилучення в уніатів й упорядкування давньої руської святині – Софійського собору. Після “хозяйнування” уніатів ця велична будова перетворилася на пустку й поступово руйнувалася. Першим ділом митрополита було надати церкві св. Софії величавого виду і посвятити її для богослужіння; він називав її “одинокою окрасою православного народу, головою і матір'ю всіх церков”. Петро Могила намагався відновити давню святиню Києва і разом з тим оживити в народі споминку старовини. Таким чином, він відновив церкву св.Василя; з руїн Десятинної церкви поставив нову камінну церкву, а підчас тих робіт найшов у землі домовину св.Володимира і переніс її до печерського монастиря, щоб люди могли її поклонитися, відновив також стару церкву Спаса на Берестові.
Петро Могила звернув увагу на те, що в церковні богослужебні книги, якими тоді користувалися в південній та західній Руси, вкралися неправильності й суперечності. Це було тоді тим гірше, що противники православ'я вказували на цю обставину, як на слубу сторону й стверджували, що в православнім богослуженні нема одностайності: в одній книзі про орден і сам предмет можуть бути одні вислови, а в другій – зовсім інші, і кожен священник може вживати того або іншого способу. Цим противники намагалтся доказати, що церква, не маючи одного голови, не зможе дотриматися правильності в своїх богослужебних книгах, а тим самим звертали на конечність підчинитися папі, як єдиному голові. Могила постановив, щоб у майботньому богослужебні книги не давалися в печать без перегляду й порівняння з грецькими першотворами і без його благословення. Він займався їх переглядом сам особисто.