Нові методи дослідження значно поліпшили діагностику захворювань, тимчасом як лікувальні можливості залишались малодійовими, застарілими, обмежувалися в основному частими кровопусканнями, проносними та блювотними. Це давало підстави для скепсису щодо лікувальних можливостей медицини взагалі. «Ми можемо розпізнавати, описувати й розуміти захворювання, але ми не повинні навіть мріяти про можливість впливати на них нашими засобами». Ще більш крайніх поглядів, ніж Шкода, дотримувався Дітль: «Краще, що можна зробити при внутрішніх хворобах, - це не робити нічого».
Збагачення клініки ефективними лікувальними засобами стало можливим тільки з розвитком експериментальної фармакології. Першу в світі лабораторію фармакології було створено Г. Бухгеймом в Дерптському (нині Тарту) університеті в 1847 р. У другій половині XIX ст. в лікувальну практику ввійшли вже такі активні препарати, як морфій, кофеїн, бром, атропін, папаверин та ін.
Другий учень Біша, Гійом Дюпюїтрен (1777- 1835), займався практичною хірургією, завідував хірургічним відділенням найбільшої лікарні Парижа. Він справедливо вважався найвидатнішим хірургом свого часу. В хірургії його ім'я зберігається в назві описаного ним абдукційного перелому гомілки (перелом Дтюпюїтрена) і десмогенної контрактури пальців кисті (контрактура Дюпюїтрена). Найбільший хірургічний музей Франції в Парижі названо його ім'ям.
Крім хірургії Дюпюїтрен багато уваги приділяв вивченню патологічної анатомії. За своїм заповітом він залишив великий капітал Паризькому університетові для заснування окремої кафедри патологічної анатомії. На завідування цією кафедрою Дюпюїтрен рекомендував свого учня - хірурга і патологоанатома Крювельє, з ім'ям якого пов'язане виділення в самостійну нозологічну форму пептичної виразки шлунка. Крювельє створив перший французький підручник патологічної анатомії з атласом.
У цей же час виділяється в окрему спеціальність педіатрія. В Англії виходять (1748- 1784) посібники з описом догляду та вигодовування немовлят, захворювань дітей старшого віку (В. Кадоган, Г. Армстронг, М. Ундервуд). У Швеції такий же посібник створено Р. Розенштейном (1761). Першу спеціалізовану лікарню для дітей було відкрито в Парижі 1802 р. Під керівництвом А. Труссо, Ф. Жадло, Г. Роже вона стає школою підготовки педіатрів для багатьох країн Європи. Дитячу лікарню в Петербурзі було відкрито 1834 р., у Відні - 1847 р.
Засновником патологічної анатомії як самостійної науки вважається віденський професор Карл Рокитанський (1804- 1878). Обслуговуючи найбільші лікарні Відня, роблячи близько 2 тисяч розтинів на рік (такої можливості до нього не мав жоден дослідник), займаючись лише патологічною анатомією, Рокитанський зміг вивчити зміни в органах при різних захворюваннях в їх поступовому розвитку. У своєму великому підручнику патологічної анатомії він подав класичний опис змін в органах, які можна бачити неозброєним оком під час розтинів. Рокитанський дотримувався гуморальної теорії походження хвороб, розрізняючи в змінах соків організму окремі, як він називав, «крази»: запальний, тифозний, туберкульозний, раковий тощо. Вчення про «крази», яке фактично не вносило нічого нового в питання походження хвороб, не набуло поширення, і його швидко забули після появи праць Вірхова з питань целюлярної патології.
Підсумовуючи, можна сказати, що на кінець XVIII ст. анатомами вже було докладно вивчено будову людського організму з початковими відомостями з мікроскопії тканин і органів. Хоч функції більшості органів залишалися ще невідомими, великих успіхів було досягнуто в розумінні кровообігу, дихання, властивостей окремих тканин. Тим часом клінічна медицина не мала таких видатних успіхів.
Методи обстеження хворих залишалися ще майже тими самими, якими лікарі користувались за часів Гіппократа. Дуже затримував справу вивчення клініки різних захворювань та диференціації їх, що потребувало численних детальних спостережень, надто незадовільний стан лікарень. У більшості країн вони були ще не лікувальними закладами, а притулками для бездомних калік, інвалідів війн. Переважна більшість їх утримувалась не коштом держави, міст, а благодійними закладами. Звичайно хворих у шпиталях розміщували у великих палатах на 50- 100 осіб по 2- 3 на одне ліжко; ці палати майже не опалювались; незаразні хворі лежали разом із заразними. Лише в окремих шпиталях видавали білизну, здебільшого хворі лежали у своїй білизні або зовсім без неї. У міських лікарнях платних посад лікарів було мало, а в благодійних закладах, при монастирях лікувальною справою часто керували недипломовані лікарі. Особливо жахливим було становище психічно-хворих, фактично позбавлених лікарської допомоги. Неспокійних, буйних психічнохворих заковували в кайдани, ув'язнювали в каземати разом з карними злочинцями. Реформу шпитальної справи було проведено лише в XIX ст.
Викладання медицини в університетах на кінець XVIII ст. значно поліпшилось. Особливо сприяло цьому визнання рівноправності хірургів і введення викладання хірургії у всіх університетах як важливої галузі медицини. При багатьох медичних факультетах було відкрито з навчальною метою великі клініки. В опублікованій у 1715 р. одній з перших праць про раціональну побудову навчання на медичних факультетах університетів Ланцізі (Lancisi Giovani, 1654- 1720) «De recta medicorum studiorum ratione» зазначається, що студенти повинні добре знати природничі науки, уміти користуватися термометром, мікроскопом, підкреслюється обов'язковість навчання біля ліжка хворого. В 1725 р. вводяться державні іспити для випускників навчальних медичних закладів, спочатку в Пруссії, пізніше в Данії, Швеції, Австрії та інших країнах. В кінці XVIII ст. відкриваються перші вищі медичні школи в Америці - в Нью-Йорку, Філадельфії. Авторитет лікарів у суспільстві і урядових колах зріс. Часті епідемії, проти яких лікарі застосовували вже більш раціональні засоби, економічні фактори, потреба утримувати великі армії - все це змусило уряди вводити лікарів у центральні і провінційні адміністративні органи, вони беруть активну участь у складанні для більшості країн перших державних медико-санітарних законоположень.
Хоч у XVIII ст. в боротьбі за матеріалістичний світогляд у вивченні фізіології та патології людського організму було зроблено вже дуже багато, матеріалістами в цю епоху були представники лише найпередовішої частини лікарів. Більшість лікарів дотримувалася ідеалістичних поглядів; на їхню думку, життя і функції організму людини цілком залежать від керівної, спрямовуючої сили - душі, «життєвої сили».
Матеріалісти цієї епохи, заперечуючи існування душі, всі функції організму пояснювали суто фізичними або хімічними законами. Описуючи і відкриваючи нові факти в будові і функціях організму, його патології, вони, проте, не могли з'ясувати взаємозв'язку між ними. Лише в окремих учених цієї епохи, таких, як Ламарк, Ламерті, Кабаніс, виникла ідея про еволюцію світу, вони робили спроби пояснити цю еволюцію, встановити зв'язок між окремими явищами. М. В. Ломоносов уже в 40-х роках XVIII ст. опублікував ряд видатних праць з фізики, хімії та геології, які розкривали загальний зв'язок явищ природи.