У травні 1917 року в Києві був скликаний І Український військовий з'їзд. Як делегат від фронту Петлюра обраний до його президії. У питанні про українізацію армії зайняв помірковану позицію, він піддав критиці як противників цього, так і палких прихильників, які закликали негайно створити українську армію. На його думку, треба було пройти певний шлях і першим кроком мала стати українізація військових частин. Тому на одному із закритих засідань з'їзду було прийнято запропоновану Петлюрою резолюцію про організацію української армії. В ній зазначалося, що головним завданням повинно стати виділення в особливі частини всіх солдат українців. На з'їзді заснований Український генеральний військовий комітет (18 членів). До його бюро обрано 4 особи. Під впливом керівників Центральної Ради М.С. Грушевського та В. К. Винниченка головою комітету став С.В.Петлюра.
Тимчасовий уряд, що змушений був погодитись на часткову українізацію деяких військових частин (до трьох корпусів), однак, не поспішав виконувати вимоги Всеукраїнського військового з'їзду. Внаслідок цього військові частини, особовий склад яких одержав резолюцію з'їзду, почали самочинно переформовуватись. Це внесло плутанину у пересування військ. Український генеральний військовий комітет нічою суттєвого не робив, щоб змінити ситуацію. Річ у тім, що він і не міг багато зробити. Російська демократія продовжувала дивитися на Україну, як на частину Росії, їй і на думку на спадало дати хоч яку небудь автономію Україні (а ідея про українізацію війська здавалася навіть дикою). Деякі українські політики теж далі ідеї автономії України в межах великої Росїї не йшли. За такої концепції не потрібна була й окрема армія. До того ж у самому комітеті не було єдиної думки щодо самостійності України.
Тоді за пропозицією Центральної Ради комітет вирішив скликати II Всеукраїнський військовий з'їзд. Незважаючи на заборону Тимчасового уряду та провокації з боку російської військової влади, у червні 1917 року він розпочав свою роботу у Києві. На першому засіданні С.В.Петлюра виступив із звітом про діяльність комітету.
15 червня на закритому засіданні Центральної Ради прийнято постанову про організацію Генерального Секретаріату (ГС), як виконавчого органу влади. До його складу ввійшов і С.В.Петлюра, який виконував обов’язки генерального секретаря військових справ.
У цього першого уряду України не було ні армії, ні фінансових, ні матеріальних засобів. Російський уряд нічого не давав і не дозволяв. Центральна Рада була лише морально сильним і авторитетним органом. В особливо важке станови ще потрапив генеральний секретар військових справ.
У надзвичайно несприятливих умовах, обстоюючи думку, що армія є носієм ідеї української державності, С. В. Петлюра докладав усіх зусиль, щоб відновити традиції українського війська. Досягти ж цієї мети, на його думку, можливо було тільки створивши національну армію. Тому Петлюра прискорює українізацію військових частин. На початок листопада 1917 були українізовані 6-й, 10-й, 17-й, 21-й й частково З-й Сибірський та 11-й армійські корпуси.
Перемога збройного повстання більшовиків у Петрограді створила першу в новітній історії України реальну можливість організації національної держави. 1 листопада 1917 року Центральна Рада оголосила про перехід влади в Києві до її рук.
15 листопада С.В.Петлюра як голова Українського генерального військового комітету повідомив ставку російської армії, що вся військова влада в Україні перейшла до нього. У повідомленні до всіх військових частин і установ Петлюра заявив, що «беручи на себе вищу військову владу на Україні, за винятком фронту, всі розпорядження в тилу виходять виключно від Генерального Військового Комітету України і тому жодних інших наказів не треба виповняти» (Косик В. Зовнішня політика Симона Петлюри // Симон Петлюра Збірник студійно-наукової конференції в Парижі (травень 1976) Статті, замітки, матеріали — Мюнхен, Париж — 1980 — С 28). Фактично таке рішення означало, що зроблено ще один крок на шляху до самостійного державного будівництва в Україні.
2. Головний Отаман збройних сил УНР.
2.1 Діяльність Петлюри за часів Директорії.
Того ж дня С.В.Петлюра видав відозву до армії, в якій закликав особовий склад дотримуватися суворої дисципліни: «Я, яко генеральний секретар по військовим справам в Українській Народній Республіці, закликаю всіх вас, мої товариші і друзі, в теперішній час до загальної дружньої роботи. Наше військо молоде, воно тільки становиться на ноги, і ви своєю дисциплінованістю доведете, що являєтесь славними потомками великих предків. Всі, як один, станьте навкруг Центральної Ради та її Генерального Секретаріату Не допускайте погромів та безпорядків, бо як ви їх допустите, ви ганьбою покриєте славне ім'я українського війська» (Іванис В. Симон Петлюра—президент України —Торонто, 1952—С 151—152).
24 листопада 1917 року С.В.Петлюра відправив Верховному головнокомандуючому російської армії телеграму такого змісту: «Объявить украинским частям й всем украинцам на фронте через командный состав й рады: Сформировалось правительство Украинской Республики в лице Генерального Секретариата. Новое правительство стоит на страже порядка й завоеваний революции. Обращения к армии Народних Комиссаров в лице Ленина, как правительства, не признанного большинством населения, исполнению не подлежат».
1 грудня С.В.Петлюра наказав українським військовим частинам, що перебували за межами України, підпорядковуватись місцевим органам влади, а в Петрограді — українському петроградському військовому штабові.
У ніч з 12 на 13 грудня, щоб не допустити нового більшовицького повстання в Києві, він наказав роззброїти російські військові частини й відправити їх у Росію. Петлюра звернувся із закликом до українських частин. Цей захід став однією з причин появи ультиматуму Ради Народних Комісарів Росії до Центральної Ради, що врешті-решт призвело до відкритої війни Радянської Росії з Україною.
С.В.Петлюра виклав свою позицію у виступі на другому засіданні Всеукраїнського з'їзду Рад, який розпочав роботу в Києві. Він, зокрема, сказав: «Захищаючи права українського народу, український уряд вимушений захищати Центральну Раду від походу більшовиків. Політика централізму з якою українці знайомі дуже давно, проводиться і зараз урядом Народних Комісарів. Ми ні на кого не нападаєм, а тільки захищаємося».
31 грудня С.В.Петлюра залишає Київ і від'їжджає на Лівобережжя. Цей переїзд був зумовлений конфліктом, який виник між ним і головою Генерального Секретаріату В. К. Винниченком з приводу рішення українського уряду включитися у переговори з Німеччиною. Петлюра виступав з гострою критикою «австрійської орієнтації» уряду.
У ті бурхливі дні Винниченко і Петлюра виявили себе прихильниками політичної незалежності України. Обидва вони були членами УСДРП, але значно розходилися у своїх підходах до багатьох ключових проблем Винниченко постійно коливався між національними інтересами і соціалістичним ідеалізмом, що свідчило про його непослідовність, як політика Петлюра ж, навпаки, намагався втілити свої ідеали соціальної справедливості в межах незалежної української республіки. Виходячи з цього, він наполягав на практичній стороні боротьби за незалежність. Пізніше, в еміграції, він писав: «Я належав до тих діячів, що не переоцінювали потенцій нашого народу у 1917—1920 рр, але уважали обов'язком ті потенції розвивати і кристалізувати. Я уважаю що лише в процесі кривавої боротьби, шляхом великих жертв і «великої крові» наш народ може заслужити собі право на самостійне державне життя».