Д.К.Заболотний слідом за Л.Пастером багато зробив у вивченні та трактуванні ролі мікробіологічного чинника, біологічних властивостей збудників різних захворювань у виникненні, розвитку та згасанні епідемій. Вчений органічно поєднував мікробіологію і епідеміологію. Він вважав, що мікробіологічний чинник зумовлює специфічні особливості епідемій на тлі різних умов середовища. Прийняття цього постулату в епідеміології мало принципове значення.
Д.К.Заболотний створив велику наукову школу, внесок якої у справу боротьби з епідеміями, в розробку наукових підвалин епідеміології дуже значний.