Колегія пильно доглядала за усіма грошовими та натуральними зборами, що надходили в її розпорядження (раніше Україна прямо не вносила прибутків у російську державну скарбницю, за винятком "консистентских дачек"). Внаслідок цього, за часів діяльності Малоросійської колегії грошові та хлібні збори в Україні зросли в чотири рази.
Колегія проводила підступну, демагогічну політику, прагнучи розколоти українське суспільство. Вона переконувала населення, що бажає лише підготувати вибори нового гетьмана, охоронити народ від утисків з боку шляхти та старшини і закликала маси подавати їй скарги на старшину та інших кривдників. Народ деякий час вірив у "добрі" наміри колегії. Вона ж, користуючись цим, посилювала гноблення населення.
У 1727 p. Верховна таємна рада, побоюючись антиросійського вибуху в Україні, скасувала нові податки, які були введені колегією, та обмежила її владні повноваження. За нею був збережений лише статус апеляційної інстанції. Внаслідок того, що колегія, як орган управління Україною припинила своє існування, Україну було підпорядковано колегії іноземних справ.
Правління гетьманського уряду (1734—1750 pp.). В 1734 p. помер гетьман Д.Апостол. Царський уряд скористався цією сумною для українців подією, щоб остаточно перебрати владу в Україні. Для цього він замість посади гетьмана створив Правління гетьманського уряду. Воно складалося з шести осіб. Троє з них були росіяни, троє — українці. Формально всі вони були рівноправними. Правління було підпорядковане поновленій Малоросійській колегії, проте царський уряд не користувався цією назвою, пам'ятуючи сумну спадщину, яку залишила по себе перша Малоросійська колегія. Одним із завдань Правління було скомпрометувати гетьманську владу, обвинуватити її у надмірних податках та інших тягарях (які у дійсності поклав на українців царат). Правління мало також запобігати різноманітним зв'язкам населення Гетьманщини з правобережними українцями, а також з поляками та білорусами. Воно виступило й проти самоврядування українських міст. У 1737 р. за його наказом були конфісковані документи, які засвідчували права Київської магістратури, щоб у подальшому відібрати ці права назавжди.
Правління діяло жорсткими, брутальними засобами і, природно, викликало ненавість до себе з боку українців. Воно існувало до 1750 p., коли імператриця Єлісавета погодилася з поновленням посади гетьмана. Новим гетьманом став К.Розумовський.
Друга Малоросійське колегія (1764—1786 pp.). У 1764 p., коли було ліквідовано гетьманство, управління Україною знов було доручено колегії, яка одержала офіційну назву — друга Малоросійська колегія, її очолив президент — граф Петро Румянцев. Його ж було призначено генерал-губернатором Малої Росії. По суті, Румянцев управляв Україною одноосібне.
Серед восьми членів в колегії було четверть українців, один з них граф Олексій Безбородько займав посаду писаря, тобто канце-ляра при Румянцев!. Він же був головним комендантом козацьких частин в Україні. В інструкції Румянцеву Катерина II наказала скасувати усі відмінності в державному устрої України та зрівняти її з іншими імперськими провінціями, витравити в українцях погляд на себе як на народ. Було рекомендовано додержувати такого методу управління Україною — розсварити старшину з народом, і згодом усунути її від влади. Катерина II цинічно казала, що для ведення малоросійських справ треба мати "лисій хвіст і вовчий рот". Друга колегія шляхом проведення "рекомендованої" політики почала провадити її у життя. Почала вона з перепису населення України (Генерального опису України) з метою вивчення її економічного становища і збільшення надходжень до царської казни. Колегії належить також сумнівна честь здійснення указу 1775 p., пов'язаного із ліквідацією Запорізької Січі.
За правлінням колегії прапори України, гармати, військові печатки, гетьманські клейноди було відіслано до Москви. Ця акція стала символом позбавлення автономного статусу України у складі Росії. Після введення в Україні російської системи органів влади та управління необхідність в колегії відпала. У 1786 p. вона припинила свою діяльність.
Збройні сили Росії в Україні. Після втечі Мазепи уряд Росії знов вводить свої війська в Україну, незважаючи на умови попередніх договорів. В Україну було введено 10 драгунських та 6 гренадерських полків. Вони утримувалися за рахунок місцевого населення. Для цього був встановлений спеціальний збір — "кон-систентские дачки" (солдати російських полків звалися консистен-тами). За часів війни з Туреччиною (1730—1739) майже вся російська армія (75 полків) перебувала в Україні, що завдало українському народові велику матеріальну шкоду. До того ж перебування російських військ було важким політичним пресом, превентивним заходом придушення прагнення України до волі.
Розгром Старої Січі. Царський уряд ставився до Запорізької Січі з упередженням і підозрою. Проте військовий потенціал запорожців, їх роль в охороні кордонів змушувала Росію деякий час миритися з існуванням Січі. Крім того, Росія використовувала її як противагу Гетьманщині. Хоча Запорізька Січ була підпорядкована безпосередньо російській адміністрації, вона залишалася центром притягання усіх пригноблених і волелюбців. Січ підтримувала міцні зв'язки з іншими регіонами України — Гетьманщиною, Слобожанщиною. Перший нищівний удар завдав Січі Петро І, коли кошовий отаман Кость Гордієнко із своїми прибічниками перейшов до Мазепи. У 1709 p. Січ було зруйновано. Запорожці, які втекли від помсти царя, прийняли зверхність кримського хана і заснували поблизу Херсона, біля гирла Дніпра, так звану, Олешків-ську Січ. Тут вони існували у тяжких умовах, у повній ізоляції від України.
Нова Січ. В 1734 p. імператриця Анна Іоанівна на прохання гетьмана Апостола дозволила запорожцям, які втекли від переслідувань Петра І, повернутися і заснувати Нову Січ на річці Базавлук (Підпільна) поблизу Нікополя. Вона розташовувалася за декілька кілометрів від Старої Січі. Повернення було скріплене договором між запорожцями царським урядом. Його було укладено в 1734 р. у Лубнах за зразком гетьманських статей. Усіх запорожців було амністовано. Січі поверталися землі, якими вона володіла до 1709 p., підтверджувалося її автономне становище, право козаків жити за своїми традиціями. Росія зобов'язувалася щороку виплачувати запорожцям 20 тис. крб. за несення ними військової та сторожової служби. Спочатку Нова Січ перебувала у підпорядкуванні Київського генерал-губернатора (він же — головнокомандувач російськими військами, розташованими в Україні). У 1750 p. її було передано у безпосереднє підпорядкування гетьману. Це було зроблено з досить прозорої причини: Єлисавета прихильно ставилася до свого свояка гетьмана К.Розумовського та прагнула піднести престиж його посадового та суспільного становища. Проте Січ не вийшла з підпорядкування київського генерал-губернатора.
Росія зробила спробу використати запорожців у боротьбі проти гайдамаків, але це викликало болючу реакцію запорожців, котрі співчували і допомагали їм. Чимало запорожців, а іноді цілі загони (наприклад, загін Семена Гаркуші) брали участь у гайдамацькому русі. Керівник коліївщини Максим Залізняк був запорожцем. Ховаючись від переслідувань, гайдамаки тікали на Січ. Відомими є наміри О. Пугачева перетягнути запорожців на свій бік. Отже, волелюбний дух Запорізької Січі не був зламаний.