Нарешті, жах перед запорожцями, відраза до їх демократичних порядків, які не вписувалися в систему самодержавства, досягли критичної позначки. З серпня 1775 p. Катериною II був виданий маніфест. У ньому із цинічною відвертістю цариця пояснювала мотиви ліквідації Запорізької Січі, котра "не имеет права на существование из-за несамовитого управления злодейских умыслов. Она есть политическою потворою". На Запоріжжя вдерлися численні частини російської армії на чолі з генералом — угорцем Текелі. Вони трощили все навкруги, щоб виключити будь-яку можливість для нормального існування людей. Одним з найбільш енергійних ліквідаторів Січі був Г.Потьомкін (у 1772 p., свого часу прийнятий до запорізького товариства, де він одержав ім'я Грицька Нечеси).
Каратель Текелі оманою захопив у полон усіх запорізьких старшин, частину з яких було відправлено на заслання. Особливо постраждав кошовий Петро Калнишевський (Калниш) Багато років він провів у кам'яному мішку в Соловках, а потім постригся у ченці. Калнишевський помер у 1803 p., коли йому сповнилося 112 років.
Рядовим запорожцям було дозволено служити в козацьких полках чи записатися до селянства. За маніфестом від 3 серпня 1775 p. назва "запорожский казак" заборонялася. Територію Січі було приєднано до Новоросійської губернії.
Задунайська Січ. У 1775 p. п'ять тисяч запорізьких козаків втекли за Дунай. Вони прийняли турецьке підданство та поблизу Добруджі заснували Задунайську Січ за зразком Запорізької, її доля була тяжкою. Вона не тільки потерпала від Туреччини, яка не визнавала її автономії, а й примушувала разом із нею воювати проти єдиновірців — своїх братів — запорожців, усіх українців, росіян.
Руйнуванням Запорізької Січі було завдано чималих втрат збройним силам Росії. Уряд Росії особливо відчув це, коли готувався до чергової війни з Туреччиною. У 1784 p. він утворив із запорожців, які вціліли після каральної експедиції Текелі, Бузьке козацьке військо. Воно було розселене між Бугом і Дністром. У 1791 p. його перейменували на "войско верных черноморских казаков", яке очолив Потьомкін — "великий гетман". Після »юго смерті у 1792 p. військо було переведено на Кубань, на землі між азовським і Чорним морями. Тут склалася нова форма організації чорноморських козаків. Вони жили родинами по селах-станицях, вели індивідуальне господарство.
Судові органи. Значна частина справ розглядалася генеральним суддею і судовим писарем. У 1727 р. до складу суду було введено три російських і три українських чиновники. Гетьман став президентом суду. Кандидатури членів суду затверджувалися царем.
Гетьманським універсалом від 17 листопада 1760 p. Генеральний військовий суд було реформовано. До його складу увійшли 12 чоловік: два генеральних судді та десять депутатів від полків. Усі вони обиралися козацькою старшиною. У 1767 p. депутатів змінили постійні члени суду.
Спочатку Генеральний військовий суд діяв як суд першої інстанції в справах особливої важливості. З часом він перетворився на вищу апеляційну інстанцію, що було закріплено універсалом гетьмана К.Розумовського. Як вища інстанція, суд видавав інструкції нижчестоящим судам, направляв до них своїх представників для участі в судовому розгляді. Генеральний військовий суд діяв і після ліквідації Гетьманщини. Він припинив своє існування лише в 1786 p.
Основною ланкою судової системи були полкові суди. Вони діяли аж до 1763 p. і за своїм складом не відрізнялися від складу відповідних полкових канцелярій. Головував в суді полковник, в засіданні брав участь полковий суддя. Полкові суди розглядали кримінальні (перш за все про вбивства) та цивільні справи. Вони були судами другої інстанції для нижчестоящих судів, а під час військових походів — функціонували як військово-польові суди.
На території сотні діяли сотенні суди. За своїм складом і діяльністю вони були схожі із сотенним правлінням. Спочатку сотенні суди діяли разом з ратушними судами і називалися "судом нашим и всей громады посполитой", "уряд сотенный". Починаючи з середини XVIII ст., до складу сотенного суду входили: сотник, отаман, міський писар, а також сотенний осавул та хорунжий. У 1730 р. за інструкцією гетьмана Д.Апостола сотенний суд було відокремлено від міського (магістратського) суду. Поступово компотенція сотенних судів звужувалася і була зведена до мінімуму. За ними залишилося право "между рядовыми казаками, в самых маловажных жалобах и спорах словесную расправу чинить". Сотенні суди було скасовано у 1763 p.
Існували також сільські суди, загальні для козаків і селян. До їх складу входили війт та декілька козаків і селян, але справи останніх розглядалися окремо. Інструкція Д.Апостола від 1 червня 1730 p. приписувала, що в селах, підлеглих сотенній адміністрації, судить атаман чи війт з двома-трьома товаришами. У державних маєтках, якщо скарга подавалася на козака селянином, суд здійснювався отаманом із "знатним товариством". Якщо ж козак поскаржився на мужика, то їх судив староста чи війт.
Гетьман Апостол здійснив деяке розмежування міських судів від полкових та сотенних. У 1763 p. суди магістратів було вилучено з підпорядкованості полковим канцеляріям. В той же час земські суди, введені наприкінці 1763 p., могли розглядати справи міщан. До складу міських судів входили війти, бурмістри, райці та лавники.
Крім названих судових органів, у зазначений період судові функції в Україні здійснювали: цехові, мирові, третейські, а також ярмаркові суди.
В середині XVIII ст. в Україні назріла необхідність у судовій реформі, мета якої полягала у забезпеченні соціально-економічних вимог старшини та шляхти, що прагнули зрівнятися у правах з російським дворянством. Судова реформа за їх задумом мала зрівняти у підсудності усі прошарки панівного класу, обмежити компетенцію Генерального військового суду як першої інстанції для вищої старшини, розмежувати розгляд цивільних та кримінальних справ і, нарешті, спростити судову систему. З'їзд козацької старшини у Глухові постановив підтримати цю реформу.
Після її проведення склалася нова система загальних судів — земські, міські, підкоморські. Генеральний військовий суд став апеляційною інстанцією для новоутворених судів.
Земські суди було створено в усіх повітах Лівобережної України. До їх складу входили земський суддя, підсудок, писар. Усі вони були з числа козацької старшини. З 1768 p. заборонялося обирати до складу земського суду рядових козаків. Члени земського суду, вступаючи на посаду, присягали (давали "клятвенное обещание"). Земські суди розглядали спори про право на власність, на спадщину. їх було ліквідовано у 1831 p.
Міські суди — фактично були тими ж полковими судами, які діяли в усіх полкових містах. Міський суд складався з полковника, міського судді, декількох полкових старшин (не більше трьох), судового писаря. До компетенції судів входили виключно кримінальні справи про вбивство, зґвалтування, крадіжку, хабарництво, розбій та ін. Важливі кримінальні справи, що стосувалися інтересів імперії, передавалися на розгляд у Преображенський приказ, Таємну канцелярію, пізніше у Вишу таємну раду і Таємну експедицію. Міські суди діяли до 1782 p.