Військова рада обирала кошових старшин — помічників кошового, але поступово значення ради занепадало. Ряд її повноважень привласнив кошовий, зокрема, у призначенні старшин, інші перейшли до старшинської ради. Владу кошового атамана можна порівняти із владою гетьмана. Невипадково Брюховецький, будучи кошовим, називав себе гетьманом. В окремі періоди, особливо під час воєнних дій, кошовий мав влади більше, ніж гетьман. Кошові прагнули зберегти її повноту навіть тоді, коли їх обрання, особливо в управління Катерини II, супроводжувалося обов'язковими згодою і затвердженнями царського уряду. Помічники кошового — старшини виконували різні доручення. Заступником кошового був військовий суддя, він же виконував обов'язки скарбника. Серед запорізьких старшин було декілька полковників. Вони очолювали пала-нки або управляли крупними військовими з'єднаннями.
Основною соціально-військовою одиницею Січі був курінь, який утворювався за принципом земляцтва. Налічувалося 38 куренів, очолюваних курінними отаманами, які були опорою кошового.
Збройні сили. Реєстрове військо. У XVIII ст. Україна зберігала власні збройні формування. Реєстрове військо добре послужило бранній славі Росії та й само здобувало лаври воєнних перемог. У 1733 p. 20 тис. козаків допомогли Росії здобути перемогу у війні із Польщею. Брали вони участь і у кримських походах кінця XVIII ст. Реєстрове військо використовувалося також для охорони кордонів Росії, особливо на півдні. У походах козаки підлягали російському командуванню. А тим часом їх чисельність продовжувала зменшуватись. За указом Анни Іоановни їх було скорочено до 20000 чоловік. За військовим фахом козаки були головним чином піхотинцями, а також артилеристами. А от добірної кінноти, як не дивно, у них не було. Це одна з причин, яка штовхала Україну на військове співробітництво з кримським ханом.
Одночасно відбуваються зміни в організаційній структурі українського війська, що негативно позначилося на його самобутності та в решті решт призвело до влиття у російську армію. Початок цього процесу був покладений у 1723 p., коли козацькі полки, як військові одиниці, були виведені з підпорядкування Голіцина — головнокомандувача нерегулярними силами Росії, а полковники слобідських полків ще у 1718 p. були підпорядковані російському воєводі, призначеному командувати слобідсько-українською дивізією. Тоді ж Їм було надано звання прем'єр-майорів російської армії. У 1733 p. козацький полковник був зрівняний у правах із генерал-майором за Табелем про ранги.
Згодом царські чиновники почали використовувати козацьке військо не за призначенням, а саме на важких фізичних роботах (прокладенні доріг, будівицтві мостів, фортець, ритті каналів). Це виснажувало козаків, викликало епідемії, призводило до масової загибелі людей. Один з таких походів (на Ладогу) відбувся у 1721 p. В ньому брали участь 12 тис. козаків (за іншими відомостями — 15 тис.). 1 хоча це був не військовий захід, його очолювали наказний гетьман Полуботок і генерал-хорунжий Кулик. В цьому поході від знесиленої праці, голоду, холоду загинуло від третини до половини його учасників.
Коли в Україні розпочалося дислокування частин російської армії (драгун та гренадерів), в них стали зараховувати козаків, що створило реальну загрозу існуванню полків. Серед козаків спалахнуло різке незадоволення, внаслідок чого полки було відновлено, але не надовго.
У 1765 p. Катерина II оголосила, що козацьке військо, як особливий вид збройних сил, є непотрібним. Пропонувалося усі полки розформувати, а козакам вступати до гусарів. Після цього усі слобідські полки було перетворено на регулярні гусарські полки, а тих, хто в них служив, називали пікінерами. До пікінерів перевели козаків Миргородського та Полтавського полків. У 1783 p. пікінер-ські частини було теж розформовано.
В тому ж році за указом воєнної колегії 10 полків, які ще стояли на Лівобережжі, було перетворено у регулярні полки кавалерії. Вони стали називатися карабінерськими. Полковники цих реформованих частин одержали табельні чини. Рядових козаків було зрівняно з державними селянами і зобов'язано виконувати їх повинності. Перший рекрутський набір серед лівобережних козаків, був проведений у 1797 p.
Запорізьке військо. Військове формування запорожців складало автономний підрозділ у збройних силах Росії. На відміну від реєстрових козаків це військо називалося "військо низове запоро-жське" а пізніше "войско ее императорського величества запорожское низовое". Царський уряд перешкоджав встановленню будь-яких зв'язків між реєстровими козаками та запорожцями. У мирний час запорожці несли службу по охороні кордонів.
Вклад запорізького війська у військову славу Росії був досить значний. Цього не могла не визнати Катерина II. У 1770 p. вона подякувала усім запорожцям за доблесть у російсько-турецькій війні, а кошового Калнишевського нагородила орденом Андрія Первозванного. У 1773 p. йому було надано чин генерал-майора російської служби.
Церква. З 1721 p. Синод як виший орган церковного управління, заснований замість скасованого патріаршества, почав призначати усіх вищих ієрархів України. У складі Синоду було багато українців. З 1728 р. в Україні, як і в Росії, проводиться політика обмеження прав церкви. Так, гетьман заборонив передавати церквам землі світських феодалів (у зв'язку з обмеженням церковної земельної власності). У 1780 р. в Україні було здійснено секуляризацію земель, що належали церкві.
Органи Росії для управління Україною. Із скасуванням системи приказів повноваження Малоросійського приказу було передано до колегії іноземних справ. У 1722 p. управління Малоросією було передано сенату, що означало відмову Петра І визнати Україну самостійним державним суб'єктом. Згодом Україна двічі поверталася під владу колегії іноземних справ — у 1727—1734 pp. та 1750— 1764 pp., але це вже не впливало на позицію Росії, на її ставлення до України.
Положення договору 1654 р. про невтручання Росії у внутрішнє управління України було відкинуто. Україна невпинно перетворюється у невід'ємну частину Російської держави.
29 травня 1722 р. в Україну надійшов царський маніфест про заснування Малоросійської колегії з розташуванням у Глухові резиденції гетьмана. Колегія складалася з шести штаб-офіцерів — представників полків царської армії, які дислокувалися в Україні. її президентом став бригадир (генерал) Вільямінов.
Створення колегії офіційно було мотивовано необхідністю навести порядок в судах і адміністрації України. У дійсності ж колегія, як відверто заявив її президент, мала наказ Петра І знищити усі "давнини" України "й поступать по-новому", тобто включити Україну до російської системи управління. Тому, хоча колегія мала статус вищої апеляційної інстанції, у яку оскаржувалися усі без винятку рішення судів та адміністративних установ України, вона була наділена усією повнотою влади. Гетьману залишили лише примарне право давати колегії поради. Гетьман і генеральна старшина мали діяти лише через Вільямінова, їм зокрема, було заборонено розсилати універсали. Полуботка було обвинувачено насамперед в тому, що він не погоджував свої дії з колегією. Його прохання про встановлення в Україні гетьманського правління та скасування Малоросійської колегії було розцінено як сепаратизм. У 1723 p. колегія дістала право видавати накази, адресовані полковникам, без згоди гетьмана.