Згодом стали виявлятися й негативні наслідки нової системи управління. Послабилося централізоване керівництво. Реформа 1957 р. усунула бар'єри на шляху виробничої кооперації усередині економічного району, але спорудила їх на його кордонах. Кожна галузь промисловості — це технічна і виробнича єдність. Нова ж система підривала цю єдність, оскільки управління галуззю було роздрібнено між багатьма економічними районами.
Робилися спроби удосконалити систему раднаргоспів, позбавитися наслідків децентралізації. У 1960 р. в УРСР з цією метою був створений республіканський РНГ, котрий мав координувати діяльність усіх раднаргоспів, які діяли в економічних районах республіки. Пізніше, у 1962 p., довелося створити РНГ СРСР, а згодом — і ВРНГ СРСР, яка відповідала за стан справ у промисловості та будівництві усієї держави. Отже, поновилась командно- адміністративна система управління народним господарством.
Керівники держави не враховували або не бажали брати до уваги досвід управління радянською промисловістю, усією економікою. У перші роки радянської влади, в період створення основ соціалістичного промислового виробництва, формування галузей промисловості, зосередження їх в єдиному господарстві раднаргоспи забезпечували потреби управління. Але в роки так званого завершення будівництва фундаменту соціалізму, організації єдиного народногосподарського комплексу в масштабах усієї країни вони уже не відповідали завданням управління, які по суті залишилися командними. Реформу 1957 р. так і не вдалося пов'язати з централізованим плануванням, з єдиною науковою політикою. У 1965 p. від раднаргоспів відмовилися. В країні, як і раніш, не було ринку засобів виробництва, підприємства не набули самостійності.
З грудня 1957 р. при Держплані СРСР, а пізніше і при ВРНГ СРСР, почали створюватись держкомітети, які мали забезпечити проведення єдиної технічної політики у певній галузі промисловості. Але галузеві держкомітети не могли забезпечити планового підвищення технічного рівня виробництва, бо не керували підприємствами безпосередньо, а лише контролювали їх, і то у вузькій сфері. До того ж між ними і раднаргоспами неминуче виникали конфлікти. Тоді ж і вдалися до організації, крім галузевих, виробничих держкомітетів (у газовій промисловості, енергетиці, електрифікації). Вони безпосередньо управляли підприємствами своєї галузі промисловості, що ще більше зміцнювало принцип відомчості, командну природу радянської економіки. 11 січня 1963 р. ЦК КПРС прийняв постанову про підвищення ролі держкомітетів та їх відповідальність за розвиток галузей промисловості. Але і це не прискорило технічного прогресу.
Місцеві органи державної влади і управління — Ради. XX з'їзд КПРС намітив програму пожвавлення діяльності Рад, яка була конкретизована у постанові ЦК КПРС від 22 січня 1957 р. "Про поліпшення діяльності Рад депутатів трудящих і зміцнення їх зв'язків з масами". В ній ставили, по суті, правильні завдання удосконалення діяльності місцевих Рад: звільнити їх від непотрібної опіки і дріб'язкового втручання в їх діяльність з боку партійних і вищих державних органів; розвивати їх самостійність, активність; розширяти їх права; всебічно зміцнювати їх зв'язки з народом. Проте головною умовою успішного розв'язання цих завдань, як і раніш, вважалось партійне керівництво Радами, його подальше зміцнення. І вже це одне зводило нанівець усі зусилля по демократизації Рад, оскільки надійна опора командно-адміністративної тоталітарної системи — інтеграція партійного і державного апаратів, як у центрі, так і на місцях, — зберігалась.
Важливе значення мало уточнення компетенції та структури місцевих Рад і їх органів, юридичне оформлення їх статусу. До 1960 р. в союзних республіках були прийняті нові положення про сільські та районні Ради, які оформили зміни і усунули прогалини у регулюванні та діяльності цих ланок системи Рад.
Головною частиною у структурі Ради проголошувалась сесія. Встановлювалась регулярність скликання сесій — двічі на рік, на їх обговорення і вирішення передавались усі найважливіші питання, що входили до компетенції Ради.
Виконкому як виконавчому органу наказувалось не підмінювати Ради у вирішенні питань, що підлягали розгляду на сесії. Встановлювалась обов'язковість звітів виконкому, його відділів, керівних працівників Ради, а також господарських працівників на її сесіях. Разом із тим розширювалась компетенція виконкомів та самостійне вирішення деяких питань місцевого життя, наприклад адміністративно-територіального поділу.
Підвищувалось значення такої структурної частини Ради, як її постійні комісії. Але несподівано робота по удосконаленню діяльності Рад була перервана. У грудні 1962 р. за наполяганням М.Хрущова обласні Ради депутатів трудящих були поділені за виробничою ознакою на промислові та сільські, нібито для забезпечення найкращого повсякденного та оперативного керівництва. За таким же поділом здійснювалась реорганізація обласних партійних органів, Але ця акція суперечила здоровому глузду, ігнорувала досвід радянського будівництва, послаблювала Ради, оскільки руйнувала їх єдність, проте, безсумнівно, працювала на ідею про повну підміну державних органів партійними.
Правоохоронні органи. Зміцнюється єдність системи загальних судів. Уже восени 1953 p. ліквідуються такі знараддя масових репресій, як трибунали військ МВС, а потім адміністративні органи, які незаконно привласнили функції правосуддя ("особлива нарада" при МВС СРСР і такі ж установи на місцях). У лютому 1957 р. ліквідуються й транспортні суди.
Роль Верховного Суду СРСР як вищого органу радянської судової системи підвищується. Положення про Верховний Суд СРСР, затверджене у лютому 1957 p., поновило норму попереднього Положення про Верховний Суд СРСР: до його складу як члени входили уже в силу свого службового становища також голови верховних судів союзних республік.
Розширилися повноваження Верховного Суду. У першу чергу він став займатися аналізом та узагальненням судової практики і давати роз'яснення судам з питань застосування законодавства при розгляді судових справ. Верховному Суду надавалось право законодавчої ініціативи. Він міг входити до Президії Верховної Ради СРСР з пропозиціями щодо питань тлумачення законів.
Щоправда, було дещо скорочено наглядові функції Верховного Суду СРСР. Це було здійснено у зв'язку із загальною перебудовою порядку нагляду вироків і рішень, які набрали законної сили. За загальним правилом наглядове провадження здійснювалось в межах союзної республіки.
Реорганізація радянського суду в Україні була завершена наприкінці 1958 p. прийняттям Основ законодавства про судоустрій Союзу РСР, союзних і автономних республік та Закону про судоустрій УРСР від ЗО червня 1960 p. Ці акти визначили завдання правосуддя, принципи організації та діяльності судових органів, сприйняли зазначені вище зміни і внесли нові. Вони торкалися передусім організації нижчої ланки судової системи — народних судів.
Замість дільничої системи народних судів вводився єдиний народний суд району чи міста. При цьому збільшувався строк повноважень народного суду — він обирається вже не на три, а на п'ять років. Запроваджувався новий порядок обрання народних засідателів — на загальних зборах робітників та службовців і строком на два роки, з тим щоб домогтися більш широкої участі у здійсненні правосуддя.