Звичайно, царицю з її колонізаторською політикою обурювала незалежність Коша Запорозького, але доводилося миритися й дивитися на це крізь пальці, щоб не ризикувати втратою надто вирішального союзника. Петро Калнишевський як справжній патріот України, не міг не розуміти, яка доля чекала його народ, прикутий до колісниці царської Росії.
Знищити український народ як націю—було метою Катерини II. «Приєднані країни непристойно називали чужоземними і поводитися з ними на такій підставі є більше, ніж помилка, ці провінції належить найлегшим способом привести до того, щоб вони обрусіли й перестали дивитися, як вовк до лісу»,—писала Катерина II в настанові генерал-губернатору князю Вяземському.
« .Тут ми маємо справу з неприкритим насильницьким завоюванням чужої території, з простим грабунком»,— так охарактеризував цю політику російського царату Ф. Енгельс. Якщо зробити екскурс в історію, то переконаємося, що Катерина II відверто, послідовно (й успішно—на жаль) проводила, політику колонізації і русифікації України, розпочату відразу після 1654 р.
Ще не встигли висохнути підписи на Переяславській угоді 1654 р. про союз України з Росією, як того ж року П. Тетеря пише цареві Олексію холуйського листа, в якому циганить у нього грамоту на містечко «Сміле з околицями з підданими в ньому будучими і зі всіма землями . і зі всіма належними полями, лісами, уходами та озерами . І щоб бути вільним над своїми підданими .». Цар дав йому таку грамоту, але смі-ляни, довідавшись про це, ледь не вбили самого Тетерю і вигнали його разом з російським посольством з містечка. Російські війська вже тоді зробили спробу окупувати Україну. Та 28 червня 1659 р. вони були розгромлені під Конотопом українськими козаками. Коли звістка про їх розгром дійшла до Москви, то цар з переляку велів готувати столицю до оборони, наказав усьому люду виходити на фортифікаційні роботи, сам брав у них участь—і готувався до відїзду в Ярославль, остерігаючись, що Москву штурмуватимуть українсько-козацькі війська. Та, згодом, оговтавшись, цар і його «апарат» вміло використали особисті амбіції та міжусобні чвари української старшини й оволоділи ситуацією, нацьковуючи їх поміж собою. Звідтоді й почалася гризня за гетьманську булаву, царську милість, маєтності,— за все ж розплачувався наш народ. Вже в жовтні 1665 р. колишній джура Богдана Хмельницького гетьман І. Брюховецький передав Україну у володіння російського монарха і погодився на присутність гарнізонів царських військ в українських містах під командуванням воєвод, а за це його нагородили дружиною, дочкою московського боярина Дарією—далекою родичкою царя.
За порадою придворних, Брюховецький як новоспечений родич царя, пише йому «чолобитну» з проханням надати відповідне звання, і стає «московським боярином». Він був одним з перших, але не останнім лакузою.
Згодом, вже у XVIII ст., російська імператриця Анна Іоанівна видала вельми цікавий секретний указ «Про шлюби малоросів». «Щоби цей малоросійський народ охоту мав своячитися і до свойства вступати з нашим, великоруським народом . того повеліваємо вам, щоби ви секретно трудились; і українців від свойства з іншими закордонними жителями відводили, а заохочували їх спритним, чином і приводили в свойства з росіянами, ідоб вони своїлись і до шлюбів вступали з нашими росіянами, а це тримати надто секретно» (Моск. арх. Мін. юстиції № 79—1806 р.). Наказ цей був адресований керівнику «Малоросії»— князю О. Шаховському 1734 р. Відразу після приєднання України до Московщини царизм наступив на суверенні права українського народу та на залишки його державності (Переяславські статті 1659 р., Московські статті 1665 р.» Андрусівське перемир'я 1667 р., Глухівські статті 1669 р., зводили на ніщо угоду в Переяславі 1654 р,.). У хід йшли всі методи—від терору, інтриг до секретних указів на кшталт «Про шлюби малоросів», за якими генерали виступали в ролі свашок.
Заслуговує на увагу й, Ставлення Петра Калнишевського до гайдамацького руху. На останній, печатці Січі був напис: «Печать войстка Ее Императорского Величества Запорожского низового». Отож, Петро Калнишевський був змушений хоча б про людське око виконувати накази «Ее Императорского Величества», зокрема, і щодо боротьби з гайдамацтвом, як от хоча б «Указ Императрицы Екатерины ІІ о том, что она никому не давала полномочия возбуждать востания в Королевстве Польском» від 9 липня 1768 р. Як відомо, гайдамацький рух починався ще на початку XVIII ст.—вперше в історичних документах гайдамаки згадуються 1717 р. Цей рух міцнів і не раз переростав у народні повстання, зокрема, 1734, 1750 рр.—апогеєм же його став 1768 р. Між цими вибухами народного гніву бойові дії гайдамаків нагадували безперервну партизанську війну. Для боротьби з ними царизм залучав «військо запорозьке низове». Повстання козаків на Січі 26 грудня 1768 р. було викликане вимушеною участю 14 запорожців, у каральних акціях. Петро Калнишевський разом з іншими старшинами, переховавшись у церкві, врятувався від гніву розлюченої козацької «сіроми» і втік в одязі ченця. Повсталі ж, насамперед, звільнили з в'язниці захоплених гайдамаків і озброїли їх.
Українському народу впеклися не лише нелюдські знущання польської шляхти на Правобережжі, але й утиски та визиски російських колонізаторів. Створена царизмом для експлуатації та гноблення Лівобережної України так звана «Малоросійська колегія» довела народ до відчаю — це про неї писав Георгій Кониський: «Канцелярія ця так упилася кров'ю, що якби перстом вседержателя ткнути на тому місці, де вона була, з землі б фонтаном бризнула людська кров».
Як відомо, значна частина гайдамаків була запорожцями, зокрема й керівник Коліївщини «гетьман і князь смілянський» Максим Залізняк. Повстанці знаходили на Січі притулок і захист, переховувалися тут від неправого суду польської шляхти та царських посіпак. І хоча ще 5 грудня 1755 р. гетьман К. Розумовський (за дорученням царського уряду) написав кошовому отаману Січі Григорію Лантуху (Федорову) указ про боротьбу з гайдамацтвом, на нього не дуже зважали. Коли ж 1768 р. спалахнуло повстання гайдамаків—«Коліївщина» (жорстоко придушене наступного року спільними зусиллями польської шляхти, російських військ і загонів кримського хана), козаки були, либонь, чи не основною ударною і організуючою силою цього народного руху. Так, запорозький осавул, отаман гайдамацького загону Губа казав, коли до нього приєдналися ще 500 запорожців: «Ляхів мені бити вже нічого, вони вже розбиті, а буду різатися з москалями». 6 квітня 1769 р. отаман Губа з невеличким загоном, відбившись від своїх основних сил, загинув у жорстокій нерівній сутичці з російськими військами.
Кошовий же Петро Калнишевський, одержавши від ігумена Мотро-нинського монастиря Мельхіседека Значко-Яворського маніфест цариці Катерини II із закликом до гайдамацького повстання і підтримки Ко ліївщини, засумнівався в його правдивості (маніфест цей був фальшивий, виготовлений Мельхіседеком) і дав його писарю І. Глобі. Той відразу впевнився в підробці і переконав кошового не втручатися в цю справу. Ігумену ж Мельхіседеку було дано відповідь: «Коли б велика монархиня вимагала насправді служби козаків у Залізняка і Ґонти, то вона б послала свій указ не через ігумена, а через особливого посланця, як це завжди було в Запорожжі». Що не завадило Петру Калнишу, між іншим, відразу після цього таємно посилати на підмогу гайдамакам загін на чолі з С. Гаркушею, якого кошовий добре знав. Гаркуша згодом подружився з І. Гонтою, став його бойовим побратимом, а після віроломного захоплення російськими військами І. Ґонти й М., Залізняка, повернувся на Січ і брав участь у російсько-турецькій війні 1768—1774 рр., у походах на Очаків і Хаджибей під командуванням П. Калнишевського.