Переходячи під владу Риму й прагнучи знайти підтримку з боку короля та уряду, єпископи ніби уникали глибокого невдоволення решти православного духовенства, братств, православного шляхетства і всього народу.
Підготовка православної церкви в Польщі до унії з Римом проводилася в обстановці таємності, що її дотримувалися як єпископи, так і уряд. Уже 24 червня 1590 р. чотири єпископи — Луцький, Львівський, Пінський і Холмський — підписали та скріпили своїми печатками грамоту про згоду прийняти унію. Й укладення в Бресті було так само засекречене, як і попередня їхня нарада в Белзі. В цій першій грамоті про унію висловлене тільки бахання визнати владу папи за умови, що він збереже на віки непорушними церемонії та всі священнодійства Східної церкви, тобто службу Божу і весь церковний порядок. Крім того, єпископи, що підписали грамоту, просили, щоб король своїми грамотами забезпечив їм вольності і затвердив артикули, котрі вони йому представлять (Жукович П. Сеймовая борьба православного западно-украинского дворянства с церковной унией (до 1609 г.). — СПб, 1901. — С.95—96). Передати цю грамоту було доручено єпископу Луцькому Кирилу (Терлецькому), який добре знав латинського єпископа Луцького Бернарда Мацієвського. Пізніше питання про унію обговорювалося не на чергових зборах, а на таємних, «покутних зібраннях» (тобто «по кутках»). У посланні віденського духовенства до новогрудського воєводи Феодора названі чотири «покутних собори»: Сокаль-ський, Красноставський, Кобринський, Брестський, що відбулися 1594—1595 рр.
У грудні 1594 р. у Сокалі було розроблено десять умов прийняття унії, так звані «сокальські артикули», тільки три з них стосувалися церковних питань. Щодо віри в них нічого не говорилося. Уповноважений Сокальського з'їзду Терлецький та інші прибічники унії в 1595 р. на нарадах разом із представниками католицького духовенства виробили «Угоду духовенства латинського і руського, при посередництві Кирила (Терлецького), єпископа Луцького, з відома його королівської милості та панів-сенаторів». У цій угоді, за настійною вимогою представників католицької ієрархії, уповноважений православних єпископів повинен був дати обіцянку представити спільні догматичні питання на розгляд папи. Митрополит М. Рогоза та єпископи Володи-мирський, Луцький, Пінський разом із Кобринським архімандритом Тоною підписали 1 червня 1595 р. докладні артикули унії папі й королю. 12 червня митрополит і єпископи підписали послання папі, висловивши тим самим згоду прийняти унію.
Унія, яка готувалася таємно від народу, піддалася рішучому осуду ще до її проголошення. Слідом за князем Островським Константином єпископ Львівський Гедеон 1 липня 1595 р. записав у міській книзі свій офіційний протест проти унії: «Постанова про неї складена всупереч правилам та звичаям нашої православної віри, нашим правилам і вільностям, без відома й дозволу патріархів, наших духовних керівників, без нарад духовного собору, а також без волі світських станів, як знатних старо-житних станів, так і простих людей православної віри, без згоди яких ми нічого робити не бажаємо» (Малишевский Й. Западная Русь в борьбе за веру й народность. — СПб, 1892. — С. 197). Приклад єпископа Гедеона наслідував і єпископ Перемишльський М.Копистенський, який у своїй заяві настійливо вимагає передати питання про унію на розгляд собору за участю всього духовенства, шляхетства і братств.
Однак король Сигізмунд III, побоюючись, що православні можуть зруйнувати унію, не погоджувався на скликання собору. Він 14 вересня 1595 р. повідомив своїм підданим про об'єднання православних в Речі Посполитій з римською церквою універсалом і через два дні відправив єпископів Іпатія і Кирила до Риму. Водночас Сигізмунд звернувся до папи з проханням дозволити скликати в Польщі з'їзд руських уніатів і православних для залучення останніх до римської віри. Король наводив також політичні мотиви відносно унії. Зокрема, висловив побоювання, що через «схизматиків» (тобто православних) можуть передаватись туркам урядові таємниці. Якщо на Русі уніати об'єднаються з апостольським престолом, то це легко може привести в унію і велике князівство Московське, де мільйони християнських душ заражені «грецькою схизмою», оскільки і в одних, і в других одна богослужебна мова, та й розмовна мова обох народів мало чим відрізняється.
У грудні 1595 р. єпископи, послані до Риму польським королем на аудієнцію до папи Климента VIII, в присутності кардиналів подали йому прохання єпископів православної церкви в Речі Посполитій прийняти їх в об'єднання з римською церквою. Обидва єпископи прочитали й підписали Символ віри («філіок-ве»), визнали догмат про верховну владу папи, постанови західних соборів, включаючи Флорентійський та Тридентський, чим перевищили дані їм повноваження, повністю прийнявши католицьку віру. Папською буллою уніатській церкві забезпечувалося збереження східних обрядів, «якщо ці обряди й церемонії не суперечать істині і вченню католицької віри і не перешкоджають спілкуванню з Римською церквою», право священиків на шлюб, дозвіл київським митрополитам призначати єпископів своїх областей. У пам'ять про цю подію було викарбовано медаль: з одного боку зображено портрет папи, а з іншого — папа на троні, що благословляє стоячого на колінах уніатського посла. Листами про укладення унії, датованими 7 лютого 1596 р., папа через послів Сигізмунда III просив його та католицьких ієрархів допомогти унії, а митрополиту М.Рогозі наказав скликати собор єпископів своєї області для такого ж сповідування віри, яке продемонстрували в Римі Іпатій та Кирил Терлецький. Православні скористались дозволом короля і запрошенням митрополита на собор, аби він став собором і православної церкви.
Члени другого, уніатського собору не допускали й думки про можливість проведення загального собору разом з численними захисниками православ'я, переконаними супротивниками унії. Уніатський синод у складі митрополита, п'яти єпископів і трьох архімандритів під керівництвом трьох католицьких єпископів — папських легатів і трьох королівських послів виконав волю папи римського: його учасники «учинили сповідування святої (тобто римо-католицької) віри і віддали послушенство» папі Клименту VIII та його спадкоємцям. Акт про це з печатками був вручений папським послам, а 8 жовтня 1596 р. про це було видано соборну грамоту.
Постанови двох соборів — уніатського і православного, які відбувалися одночасно в Бресті 6—10 жовтня 1596 р., були подані королю Сигізмунду III, але затверджені саме рішенням уніатського собору, як і передбачали захисники православної церкви. Отак православ'я в Речі Посполитій фактично опинилося поза законом. Усі права, що з давніх-давен належали православній церкві, передавалися тепер уніатській; для православних кліру та мирян в королівсько-магнатській Польщі настали тяжкі часи.
Унія 1596 р. — дуже складне і суперечливе явище в історії нашого народу, а тому й не дивно, що і в сучасних публікаціях автори по-різному, часом з протилежних позицій, оцінюють її наслідки. Розглядаючи суть релігійного аспекту цього союзу, слід зазначити, що уніатська церква визнала основні догмати католицизму і владу папи римського, зберігши лише православну обрядовість. Це було продиктовано необхідністю рахуватися із негативним ставленням православних до католицької віри, виявити певну гнучкість, аби добитися підпорядкування православної церкви Ватикану.