Так, у 1583 р. Київським митрополитом був призначений Онисифор. Дівочка, який всупереч канонам православної церкви дозволив одружитися усім своїм єпископам, навіть призначив священиками багатоженців. Це викликало незадоволення віруючих. Польський король скористався прибуттям до Польщі Константинопольського патріарха Єремії і переконав його зняти Онисифора й висвятити на митрополита людину, висунуту руською шляхтою, — таємно підготовленого єзуїтами єпископа Михайла Рогозу.
Хоч патріарх і знав про деякі непорядні вчинки цього єпископа, про його зв'язки з єзуїтами і недовір'я до нього православних, але під тиском польського короля висвятив Рогозу на сан митрополита. Проте, щоб запобігти негідним вчинкам нового ієрарха, всупереч церковній практиці призначив на Київську митрополію свого екзарха — Луцького архієпископа Кирила Терлецького, наділивши його правами, які насправді перевищували права самого митрополита. Проте, як виявилося пізніше, Терлецький підтримував тісні зв'язки з єзуїтами, не раз виконував їхні доручення. Отже, православну церкву на Україні та в Білорусії очолили люди, які докладали чимало зусиль для запровадження унії православної церкви з римським престолом.
Ще задовго до прийняття церковної унії єзуїти розпочали активний наступ на пов'язану з православною традицією освітню діяльність, на науку, мораль, культуру українського народу. Активізації їхньої діяльності сприяв вихід у 1577 р. книги єзуїта Петра Скарга «Про єдність Божої церкви під одним пастирем», яка викликала значну в ті часи полеміку між прибічниками православ'я і католицизму. Сама структура книги відповідала класичній схемі єзуїтських диспутів між католиками і православними, а перемога римсько-католицької сторони була заздалегідь запланованою.
Маскуючись під захисника інтересів українського та білоруського народів. Скарга нібито неупереджено аналізував усе, що могла дати українцям і білорусам західна латинська і східна грецька культура. «Одначе на Україні й Білорусії уся наука впала, — писав він, — а попи схопили й ніколи вівці (тобто православні віруючі) не можуть мати з них такої втіхи, якої треба. До того дуже ошукали тебе греками, український і білоруський народи, що, даючи тобі святу віру, не дали своєї грецької мови, тільки звеліли задовольнитися . слов'янською, щоб ніколи не прийшло» до справжнього розуміння і науки. З слов'янської мови ніколи ніхто не може бути вченим» (Возняк М. Історія української літератури. — К., 1921. — Т.2 — С.2, 41). Усе відібрав бог у греків і Русі, твердив далі Скарга, і справжня наука перейшла від греків до Латинської церкви, а тому розраховувати на поширення науки і культури з Греції не доводилось. Йому підспівував також єпископ Потій: «Як для греків, так і для руських спасіння — в єдності з римською церквою, яка володіє повністю про-світними засобами і додає премудрості й розуму всім, хто з чемністю сина звертається по її материнську допомогу» (Савич А.) Западно-русские униатские школьі//Трудьі Белорусского университета. — Минск, 1922. —№2.— С. 114). Така проватиканська аргументація поширювалася в Україні й Білорусії і мала на меті підготувати грунт для церковної унії. Католицька пропаганда зображає запровадження уніатства як турботу про «єдність церкви Божої під одним пастирем» — папою римським. За твердженням єзуїтів, здійсненню цієї мети не суперечили всілякі жорстокі засоби й підступні дії, фанатична ненависть і фізичне знищення противників, проведення політики «батога і пряника». Єзуїти застосовували різні форми й методи поширення унії серед населення. Зокрема, православному духовенству вони обіцяли рівність у всіх привілеях з латинськими ксьондзами, переконували священиків у силі католицизму, необхідності церковної унії з ним, переслідували противників унії адміністративними засобами.
Унія в Речі Посполитій була бажаною для Риму як компенсація втрат, завданих йому Реформацією, і насамперед тому, що Рим і його первосвященик, а також католицьке духовенство в Польсько-литовській державі здавна плекали мрію про підкорення всієї східної православної церкви Римському престолу. Єзуїт Антоній Поссевін висловлював загальну думку католицького керівництва, коли говорив, що тільки прилучивши Західну Русь до католицизму, можна досягти єднання з Римом і Русі Московської.
Третя, завершальна Люблінська унія 1569 р.
Польща, Русь (Україна й Білорусія) та Литва утворюють єдину державу з польським королем на чолі. Литва зрікається окупованих нею земель на користь Польщі і повністю втрачає власні органи влади.
На Україні закріпачують селян, попів гонять на панщину, їм немає доступу до освіти, православні храми здаються в оренду шинкарям. Посилюються два страшних для православ'я процеси: з одного боку, масові переходи шляхти, духовенства й віруючих в католицьку віру, а з другого — примітивізація, культурний занепад тих, хто залишився православним. Україна убожіє, втрачає знать, некатоликам забороняється займатися торгівлею, їх не включають до ремісничих цехів, школи полонізуються. Повстання козаків і селян топляться в крові. Найвідомішими з них було повстання 1591—1596 рр., жорстоко придушене. Тимчасом, коли селянство посилювало виступи проти польських феодалів, українська заможна верхівка, виходячи із своїх інтересів, протягом життя одного-двох поколінь майже перейшла на бік польського магнатства, засвоївши його мову, віру й звичаї. Зрада української верхівки, пізніше — прийняття унії, з одного боку, полегшили польським панам процес закріпачення місцевого населення, а з другого — вкрай загострили соціальні, національні й релігійні суперечності в Речі Посполитій.
Ідея унії православної церкви з Римом гаряче підтримувалась королівсько-магнатським урядом, саме вона розглядалась як засіб ідеологічного обгрунтування тієї експансіоністської політики, що проводилась ним як засіб асиміляції, ополячення православного населення Речі Посполитої. Оскільки Флорентійська унія не мала тут успіху, було визнане за необхідне провести нове «узгодження церковне», згідно з яким українське і білоруське населення, підкорене «апостольській столиці», було б відчужене від православної церкви, поступово ополячене та окатоличене.
Трагічна ситуація на Україні кінця XVI ст. поставила проблему вибору і перед православним духовенством: 1) продовжувати нерівну боротьбу, знаючи, що це несе загибель духовенству і неминуче окатоличення та полонізацію народу; 2) прийняти римо-католицьку віру, що викличе кривавий розкол, в результаті якого частина народу загине, а інша буде полонізована; 3) піти на унію з Римом, щоб зберегти обряд і національну самобутність, змінивши залежність від константинопольського патріарха на залежність від папи римського.
Прийняття ідеї унії частиною православного духовенства пояснювалось і деякими іншими, прозаїчнішими обставинами. Уже протягом століття, незважаючи на церковні канони, зловживаючи правом патронату призначати кандидатів на архієрейські кафедри, ігуменів монастирів і навіть священиків парафіяльних храмів, польські правителі роздавали церковні нагороди, часом продавали високі церковні посади. Внаслідок цього надзвичайно знижувався духовний рівень ієрархії, яка більше турбувалася про свої власні інтереси, а не інтереси свого народу; це підривало її зв'язок з народними масами. Зрозуміло, що ці характеристики не стосуються усіх представників православного духовенства на Україні того часу, але все ж таки значна частина його загрузла в розпусті. Ці ієрархи саме завдяки унії розраховували добитися рівноправності з польськими феодалами, домогтися високих державних і церковних посад і звань. Свою згоду на визнання влади папи римського вони пов'язують не з переконаністю в істині догматів католицької церкви, не з релігійно-ідейними мотивами. Православні ієрархи пояснюють це незадоволенням розпорядженнями патріархів, складним становищем церкви на Сході. Особливо ж підкреслюється стурбованість тим, що єпископи залишили кафедри та села й помістя, які перебували у їхній власності; щоб митрополитові та єпископам були дані місця в сенаті та сеймі Речі Посполитої і, взагалі, щоб вони були зрівняні в правах з католицькими єпископами.