Анатомія є однією з найдавніших природничих наук. Першу книжку, в якій були відомості з анатомії, написав за 3 тис. років до н.е. китайський імператор Гванг Ті. Великий внесок у подальший розвиток цієї науки зробили вчені Стародавнього Єгипту і Стародавньої Греції, такі як Аристотель (384— 322 рр. до н.е.), Герофіл (304 р. до н.е.), Гален (211—131 рр. до н.е.), Абу Алі Ібн-Сіна (Авіценна) (980—1037) та ін.
Є історичні відомості про те, що вже починаючи з X-XII ст. монахи-цілителі лікарського монастиря, що існував при Києво-Печерському монастирі, передавали медичні знання, зокрема анатомічні, від покоління до покоління. Після організації Києво-Могилянської академії (1694 р.) в Україні розпочалася підготовка кадрів, які багато зробили для розвитку анатомії на науковій основі.
Засновником наукової анатомії був професор Падуанського університету Андреас Везалій (1514—1564), який на підставі численних розтинів трупів у 1543 р. видав книжку «Про будову людського тіла» з систематизованим описом органів тіла людини. Численні достовірні факти про будову тіла людини, встановлені А. Везалієм і його послідовниками, є загальновизнаними і сьогодні. Класичну працю А. Везалія перекладено російською мовою і видано в колишньому Радянському Союзі в 1950 р. (1-й том) і в 1954 р. (2-й том).
Уявлення А. Везалія про будову тіла людини були революційною подією в природознавстві і передбаченням великих анатомічних відкриттів XVI ст., зроблених його послідовниками (Фалопій, 1523—1562рр.; Евстахій, 1510— 1574рр.; Варолій, 1543—1575рр., та ін.). Вони досконало вивчили не лише кістки та м'язи, а й внутрішні органи, органи чуття, спинний та головний мозок, нерви.
Виникнення функціонального напрямку в анатомії пов'язано з ім'ям Уїльяма Гареея (1578—1657 рр.), який на підставі проведених спостережень та експериментів у 1628 р. видав свою знамениту працю («Анатомічне дослідження про рух серця і крові у тварин») про кровообіг від серця через артерії і до серця через вени. Це відкриття стало початком фізіології. Трохи згодом (1661 р.) Марчело Мальпігі (1628—1694рр.) на підставі мікроскопічних досліджень дійшов висновку, що артерії та вени з'єднуються між собою капілярами, довівши цим правильність уявлень про існування замкнутої системи кровообігу.
Розвитку анатомії та її функціонального напрямку в XVII—XVIII ст. допомагали легалізований в ряді країн розтин трупів, поширення досконаліших методів дослідження, відкриття університетів у країнах Європи, введення анатомічної термінології. Серед вчених-анатомів цього періоду слід відзначити Ф. Рюйша (1638—1731рр.), А. Галера (1708—1777рр.) та ін. Ф. Рюйш першим організував постійний музей анатомічних препаратів, удосконалив бальзамування трупів тощо. А. Галер розвивав фізіологічний напрямок у морфології. Він об'єднав анатомічні та фізіологічні знання свого часу в багатотомній праці «Elementa physiologiae corporis humani» («Основи фізіології тіла людини»).
У Росії анатомія починає свій розвиток за Петра І. Першим викладачем анатомії був Микола Бідлоо (1669— 1735рр.), який очолював лікарську школу при московському генеральному госпіталі, заснованому в 1707р. Петром І. У його визначній рукописній книзі «Повчання для тих, хто вивчає хірургію в анатомічному театрі» описано всі хірургічні операції від «голови до п'ят», а також приведено програму викладання і послідовність вивчення тіла людини.
Розвиток матеріалістичного природознавства в Росії пов'язаний з працями геніального російського вченого-енциклопедиста М.В. Ломоносова і його учнів: С.Г. Зибеліна (1735—1802 рр.) — першого російського професора медичного факультету Московського університету, О.П. Протасова (1724—1796 рр.) — першого російського академіка-анатома та ін.
Перший оригінальний посібник з анатомії «Скорочена анатомія, або керівництво до, пізнання будови людського тіла .» написав у 1802 р. П.О. Загорський (1764—1846) — засновник анатомічної школи в Петербурзькій медико-хірургічній академії.
На цей період (кінець XVII ст. — початок XVIII ст.) припадає відкриття і розвиток кафедр анатомії на медичних факультетах університетів ряду великих міст України, які потім сформувались у відомі анатомічні школи.
Першим відкрився медичний факультет Львівського університету. Відкривався він двічі (у 1784 і 1804 рр.). Кафедру анатомії очолював професор Г. Кадій (1851—1912 рр.), а з 1946 по 1970р. — професор П. Любому дров (1895— 1972 рр.), під керівництвом якого сформувався науковий напрям Львівської школи — вивчення судинної системи людини.
Медичний факультет у Харкові був організований в 1805 р., першим завідувачем кафедри анатомії був Л.0. Ваннеті. Найталановитішим представником Харківської анатомічної школи вважається 5.77. Воробйов (1876—1937рр.), який почав працювати на кафедрі з 1917р.
В.П. Воробйов розвинув функціонально-анатомічний напрям та історичне розуміння будови і форми тіла людини. Він є автором методу макромікроскопічного дослідження, який дав змогу встановити нові закономірності структурної організації нервової системи.
В.П. Воробйов — автор унікальних анатомічних атласів, підручників тощо. Серед його учнів — послідовник і видатний анатом професор Р.Д. Сшельников, який видав тритомний анатомічний атлас, що і на теперішній час є енциклопедичним довідником для лікарів і студентів. Р.Д. Синельников з 1945 р. був науковим керівником комісії по реставрації і збереженню тіла М.І. Пирогова.
У Києві заняття на кафедрі анатомії в університеті Святого Володимира почалися у 1841 р.
Перший підручник анатомії, виданий у Києві, був написаний професором О.П. Вальтером (1817—1889рр.), який протягом 24 років очолював кафедру анатомії в університеті. О.П. Вальтер першим дослідив дію симпатичних нервів на кровоносні судини.
З 1868 по 1890 р. кафедрою завідував В. О. Бец — основоположник вивчення структури кори головного мозку. Його дослідження мікроскопічної будови півкуль великого мозку привели до відкриття велетенських пірамідних клітин, які названі його іменем.
Протягом 12 років, з 1890 до 1902 р., кафедрою керував професор М.А. Тихомиров, автор визнаної в усьому світі монографії «Варіанти артерій і вен людського тіла».
З 1903 по 1917р. кафедру очолював професор Ф.А. Сіпефаніс. Він одним із перших в Росії почав вивчати лімфатичну систему людини.
Підтримуючи і розвиваючи наукові напрями попередників Київської анатомічної школи найбільших успіхів у вивченні лімфатичної системи домігся професор М.С. Спіров, який з 1930 р., впродовж 43 років, очолював кафедру анатомії Київського медичного університету. Серед його учнів — відомих анатомів — О.В. Сеиридов, О. О. Сушко та багато інших.
Основоположником і творцем прикладного напрямку анатомії є М.І. Пирогов (1810—1881рр.), який написав «Повний курс прикладної анатомії людського тіла з малюнками (анатомія описово-фізіологічна і хірургічна)».
Видатний анатом і вчитель П. Ф. Лесгафт (1837— 1909рр.) розвинув функціонально-анатомічний напрям. Він довів формотворне значення функції, а також те, що здоров'я людини залежить, як правило, від активної фізичної діяльності. На основі цього твердження було розроблено систему комплексів фізичних вправ і лікувальної фізкультури.